48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2045 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  100 
 
 		 480 aa  962    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  51.73 
 
 		 469 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 472 aa  427  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  47.13 
 
 		 475 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 477 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  46.55 
 
 		 480 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  47.19 
 
 		 479 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  46.55 
 
 		 486 aa  397  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  47.67 
 
 		 477 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  48.41 
 
 		 477 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 481 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 475 aa  359  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 453 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  33.78 
 
 		 468 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  34.23 
 
 		 456 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  34.31 
 
 		 464 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  33.33 
 
 		 440 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 471 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  30.5 
 
 		 476 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 464 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  30.7 
 
 		 464 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  30.3 
 
 		 482 aa  174  2.9999999999999996e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 210 aa  91.7  3e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.75 
 
 		 983 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  28.19 
 
 		 812 aa  51.6  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1106 aa  51.2  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2987  two component transcriptional regulator, Fis family  36.26 
 
 		 260 aa  51.2  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68747e-26 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 		 783 aa  49.7  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0445794 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  46.15 
 
 		 613 aa  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3718  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 		 826 aa  46.6  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 600 aa  46.6  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  25.73 
 
 		 886 aa  46.6  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.24 
 
 		 1338 aa  45.4  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1410  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  25.93 
 
 		 1120 aa  45.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132886  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 		 738 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  23.2 
 
 		 1258 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 		 861 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.8 
 
 		 853 aa  45.1  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.18 
 
 		 472 aa  45.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  26.72 
 
 		 906 aa  45.1  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2525  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.35 
 
 		 444 aa  44.7  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.368497  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.7 
 
 		 1176 aa  44.7  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0841  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25 
 
 		 744 aa  44.3  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 		 591 aa  44.3  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1262 aa  44.3  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  38.33 
 
 		 712 aa  43.9  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1296  two component transcriptional regulator, Fis family  35.71 
 
 		 258 aa  43.9  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00352945  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  25.71 
 
 		 888 aa  43.9  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>