54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1725 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 		 464 aa  923    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  71.33 
 
 		 440 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  72.85 
 
 		 453 aa  667    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  67.65 
 
 		 468 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  54.59 
 
 		 456 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  34.2 
 
 		 475 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  36.62 
 
 		 477 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  36.12 
 
 		 477 aa  253  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 477 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  33.26 
 
 		 475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 472 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  34.31 
 
 		 480 aa  238  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  33.41 
 
 		 479 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 469 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 481 aa  233  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  33.55 
 
 		 480 aa  229  9e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  33.77 
 
 		 486 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  29.84 
 
 		 464 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 464 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 471 aa  169  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  27.95 
 
 		 476 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  27.53 
 
 		 482 aa  137  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 210 aa  61.6  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 460 aa  51.2  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.1 
 
 		 466 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.68 
 
 		 469 aa  48.5  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 467 aa  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.76 
 
 		 469 aa  47.4  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 468 aa  47.4  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  35.87 
 
 		 448 aa  46.6  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  25.16 
 
 		 613 aa  46.6  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1428  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.56 
 
 		 691 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123829  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 		 581 aa  45.8  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2525  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.368497  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  42.31 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.31 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.31 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.31 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  42.31 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  42.31 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0925  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.24 
 
 		 484 aa  44.7  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.815173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 		 488 aa  44.3  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.525369 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  34.09 
 
 		 468 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1777  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 465 aa  43.9  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.65 
 
 		 687 aa  43.9  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 476 aa  43.9  0.007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4674  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 		 463 aa  43.9  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03938  Factor for inversion stimulation Fis, transcriptional activator  30 
 
 		 97 aa  43.5  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.102768  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 466 aa  43.5  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.33 
 
 		 591 aa  43.5  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0984  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 455 aa  43.5  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.63 
 
 		 439 aa  43.1  0.009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 600 aa  43.1  0.01  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.97 
 
 		 671 aa  43.1  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.918325 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>