65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5364 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  91.23 
 
 		 480 aa  874    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  91.02 
 
 		 486 aa  874    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  100 
 
 		 479 aa  953    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  68.61 
 
 		 481 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 469 aa  549  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  47.19 
 
 		 480 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  44.37 
 
 		 475 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  44.59 
 
 		 477 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 477 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  44.82 
 
 		 477 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 475 aa  344  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 		 468 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 453 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  33.26 
 
 		 464 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  32.21 
 
 		 456 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  34.02 
 
 		 440 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  32.37 
 
 		 464 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 464 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 471 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  31.44 
 
 		 476 aa  210  4e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  30.33 
 
 		 482 aa  191  2.9999999999999997e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 210 aa  99.8  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  25.51 
 
 		 1136 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 		 1098 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.09 
 
 		 1098 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.32 
 
 		 1098 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2987  two component transcriptional regulator, Fis family  36.26 
 
 		 260 aa  53.5  0.000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68747e-26 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.13 
 
 		 1262 aa  53.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 1253 aa  53.1  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1741  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 		 857 aa  52.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.99373 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3071  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.03 
 
 		 1222 aa  52.4  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0997499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.9 
 
 		 1092 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.77 
 
 		 1172 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.43 
 
 		 853 aa  50.8  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.43 
 
 		 585 aa  50.8  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  23.66 
 
 		 1258 aa  49.7  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 		 1050 aa  47.4  0.0006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.12 
 
 		 455 aa  47  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1464  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 		 663 aa  47  0.0008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1296  two component transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 		 258 aa  46.2  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00352945  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.02 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.99 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  23.08 
 
 		 1092 aa  46.6  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.14 
 
 		 641 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  42 
 
 		 600 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.58 
 
 		 609 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0472  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.86 
 
 		 853 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000400428 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 		 789 aa  44.7  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.37 
 
 		 1471 aa  45.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0918  transcriptional regulator, Fis family  43.14 
 
 		 198 aa  45.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000234957  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1428  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 		 691 aa  45.1  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123829  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0016  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.91 
 
 		 449 aa  44.7  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.420092 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  22.12 
 
 		 1258 aa  44.7  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0386  putative PAS/PAC sensor protein  35.96 
 
 		 273 aa  44.3  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.03 
 
 		 583 aa  44.3  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 460 aa  43.9  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4428  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 622 aa  43.9  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  27.82 
 
 		 712 aa  43.9  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 447 aa  43.5  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1264  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 561 aa  43.5  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.86 
 
 		 654 aa  43.5  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2462  multi-sensor signal transduction histidine kinase  19.78 
 
 		 1032 aa  43.5  0.009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2464  putative PAS/PAC sensor protein  19.21 
 
 		 812 aa  43.1  0.01  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1037  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50 
 
 		 449 aa  43.1  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>