67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6427 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  100 
 
 		 456 aa  911    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  58.14 
 
 		 440 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  55.78 
 
 		 468 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 453 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  53.9 
 
 		 464 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 475 aa  269  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 472 aa  259  7e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  35.86 
 
 		 477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 477 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  34.8 
 
 		 477 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  33.85 
 
 		 475 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  34.23 
 
 		 480 aa  233  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 469 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  32.21 
 
 		 479 aa  228  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  30.7 
 
 		 480 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  30.48 
 
 		 486 aa  211  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 481 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  31.19 
 
 		 476 aa  182  8.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  30.81 
 
 		 482 aa  173  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 464 aa  167  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  30.51 
 
 		 464 aa  167  5e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 471 aa  164  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 210 aa  71.6  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  22.82 
 
 		 715 aa  52.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 738 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  47.73 
 
 		 655 aa  48.9  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1456  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 		 623 aa  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.80149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 457 aa  47.8  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2366  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 385 aa  47.8  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000342445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01277  putative sigma-54 interacting response regulator protein  50 
 
 		 443 aa  47.8  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.420993  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 		 449 aa  47.4  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 		 807 aa  47  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4155  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 455 aa  46.6  0.0009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.37 
 
 		 591 aa  46.6  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.71 
 
 		 462 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.22 
 
 		 597 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3536  two component Fis family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 447 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.33 
 
 		 460 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.79 
 
 		 488 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.525369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20940  sigma54-dependent activator protein AcxR  38.18 
 
 		 664 aa  45.8  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2398  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.74 
 
 		 469 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.313034  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.28 
 
 		 592 aa  45.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2280  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 		 453 aa  44.7  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.620123 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 455 aa  45.1  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.56 
 
 		 466 aa  44.7  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.74 
 
 		 469 aa  45.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 		 486 aa  44.7  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1847  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.35 
 
 		 675 aa  44.3  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 467 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.21045  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  32.5 
 
 		 481 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353406  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 468 aa  44.7  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0925  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.89 
 
 		 484 aa  44.3  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.815173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.08 
 
 		 559 aa  43.9  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1243  Fis family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 342 aa  44.3  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0162374  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1212  Fis family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 311 aa  44.3  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268591  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1716  putative PAS/PAC sensor protein  31.48 
 
 		 1099 aa  43.9  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 466 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1740  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 		 1319 aa  43.9  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3323  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.91 
 
 		 458 aa  43.9  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.581416  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.4 
 
 		 609 aa  43.9  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.55 
 
 		 581 aa  43.9  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2741  putative PAS/PAC sensor protein  32.05 
 
 		 490 aa  43.5  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 466 aa  43.5  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 469 aa  43.5  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.49 
 
 		 458 aa  43.1  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0074  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.13 
 
 		 453 aa  43.1  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 		 585 aa  43.1  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>