44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0626 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 472 aa  949    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  48.61 
 
 		 480 aa  436  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 469 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  48.72 
 
 		 479 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  47.22 
 
 		 480 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  47.01 
 
 		 486 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 477 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  45.28 
 
 		 475 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  44.09 
 
 		 477 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  46.05 
 
 		 477 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 481 aa  377  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 475 aa  378  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  35.31 
 
 		 468 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  35.62 
 
 		 456 aa  259  8e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  34.85 
 
 		 440 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  33.55 
 
 		 476 aa  231  2e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  34.44 
 
 		 464 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  31.53 
 
 		 464 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 464 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  34.53 
 
 		 482 aa  208  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  31.26 
 
 		 471 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 210 aa  95.1  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2525  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.65 
 
 		 444 aa  53.5  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.368497  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2987  two component transcriptional regulator, Fis family  31.87 
 
 		 260 aa  48.9  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68747e-26 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2736  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  54.55 
 
 		 662 aa  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419098 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  27.27 
 
 		 591 aa  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  24.12 
 
 		 1136 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.44 
 
 		 805 aa  47.8  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.51 
 
 		 1098 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.32 
 
 		 472 aa  47  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 986 aa  47  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 600 aa  47  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 		 515 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.79 
 
 		 1050 aa  45.1  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.71 
 
 		 592 aa  44.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0918  transcriptional regulator, Fis family  28.99 
 
 		 198 aa  44.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000234957  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2009  sigma-54 factor, interaction region  34.09 
 
 		 468 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.813919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.67 
 
 		 609 aa  43.5  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.16 
 
 		 486 aa  43.5  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 		 486 aa  43.5  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.87 
 
 		 983 aa  43.5  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1482  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 656 aa  43.5  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.548294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50 
 
 		 447 aa  43.1  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0905113 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>