86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3715 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3715  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 469 aa  922    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.234615  hitchhiker  0.000579689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5286  transcriptional regulator PspR, Fis family  64.3 
 
 		 480 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0115697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4819  transcriptional regulator PpsR  64.09 
 
 		 486 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0232279 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5364  transcriptional regulator, Fis family  64.26 
 
 		 479 aa  569  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.266103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1851  Fis family transcriptional regulator  64.94 
 
 		 481 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000460761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2045  transcriptional regulator PspR, Fis family  51.73 
 
 		 480 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.124174 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0626  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 472 aa  420  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1718  transcriptional regulator, Fis family  48.16 
 
 		 477 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.57996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3993  Fis family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 477 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0929591 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3748  transcriptional regulator PpsR  50 
 
 		 477 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00176941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1301  putative PAS/PAC sensor protein  45.77 
 
 		 475 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6421  Fis family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 475 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1308  putative PAS/PAC sensor protein  35.98 
 
 		 468 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.464609 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3986  Fis family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 453 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  0.222002 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3741  transcriptional regulator PpsR  36.75 
 
 		 440 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000829732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1725  transcriptional regulator, Fis family  34.55 
 
 		 464 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.671099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6427  transcriptional regulator PpsR2  33.92 
 
 		 456 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1013  Fis family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 471 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1925  Fis family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.178133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0282  transcriptional regulator PpsR  32.74 
 
 		 464 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3531  transcriptional regulator PpsR  30.99 
 
 		 476 aa  196  7e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.421406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0164  putative PAS/PAC sensor protein  30.67 
 
 		 482 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1639  Fis family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 210 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.33 
 
 		 609 aa  53.5  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1983  sensory box protein  22.37 
 
 		 1136 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0811196 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.17 
 
 		 1134 aa  52.4  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56424 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0918  transcriptional regulator, Fis family  26.05 
 
 		 198 aa  51.6  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000234957  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.68 
 
 		 585 aa  51.2  0.00004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3771  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 		 1039 aa  50.8  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000191257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.03 
 
 		 1098 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1546  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.92 
 
 		 1098 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  26.09 
 
 		 641 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3563  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 		 1023 aa  48.9  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.58 
 
 		 1092 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.14 
 
 		 486 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  36.23 
 
 		 613 aa  48.5  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0141  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 		 837 aa  47.8  0.0005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00355903 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.06 
 
 		 1158 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2987  two component transcriptional regulator, Fis family  33.68 
 
 		 260 aa  47.4  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.68747e-26 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3424  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 		 466 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.25481 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 		 1253 aa  47  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 		 466 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1918  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.35 
 
 		 878 aa  46.6  0.0009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.71 
 
 		 789 aa  46.2  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  25.65 
 
 		 653 aa  46.2  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 1262 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1428  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 691 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.123829  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.57 
 
 		 827 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1243  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.06 
 
 		 734 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0172121 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27 
 
 		 929 aa  45.4  0.002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1772  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.37 
 
 		 1169 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.914739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.49 
 
 		 472 aa  45.8  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.92 
 
 		 953 aa  45.8  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4428  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 622 aa  45.8  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  32.89 
 
 		 582 aa  45.8  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2567  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 768 aa  45.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0479714  hitchhiker  0.00000000485501 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2759  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 785 aa  45.1  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.8 
 
 		 583 aa  45.1  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1296  two component transcriptional regulator, Fis family  32.98 
 
 		 258 aa  45.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00352945  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2998  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 460 aa  44.7  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.605804 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  37.5 
 
 		 1171 aa  45.1  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.23 
 
 		 1098 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 		 1301 aa  45.1  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.58 
 
 		 1559 aa  44.3  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0883  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.8 
 
 		 466 aa  44.3  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879866  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.42 
 
 		 673 aa  44.7  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1351  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 		 793 aa  44.3  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.73474  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0616  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.9 
 
 		 908 aa  44.7  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0119428 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 1669 aa  44.3  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  26.06 
 
 		 1061 aa  44.3  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.02 
 
 		 591 aa  44.3  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 600 aa  43.9  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000658727  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  27.35 
 
 		 888 aa  44.3  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 		 929 aa  43.9  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 1029 aa  43.9  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.135444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  28.57 
 
 		 712 aa  43.9  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.7 
 
 		 1172 aa  43.9  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0833  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 466 aa  43.5  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.96038  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  37.93 
 
 		 1187 aa  43.9  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 		 1050 aa  43.5  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  36.36 
 
 		 1258 aa  43.5  0.008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 		 901 aa  43.5  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2651  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 		 973 aa  43.5  0.008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2438  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 467 aa  43.5  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1846  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.22 
 
 		 737 aa  43.1  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.62 
 
 		 447 aa  43.1  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0905113 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>