More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5381 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5381  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  100 
 
 		 524 aa  1074    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121189  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3666  extracellular solute-binding protein family 5  37.88 
 
 		 563 aa  358  9e-98  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1855  twin-arginine translocation pathway signal  31.3 
 
 		 540 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.686889  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1562  extracellular solute-binding protein  34.12 
 
 		 556 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.278775  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0403  twin-arginine translocation pathway signal  29.43 
 
 		 559 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.54 
 
 		 516 aa  176  7e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  30.93 
 
 		 539 aa  176  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.5 
 
 		 516 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.12 
 
 		 516 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  27.5 
 
 		 516 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 516 aa  172  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 516 aa  172  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  26.93 
 
 		 516 aa  167  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.01 
 
 		 520 aa  166  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.57 
 
 		 515 aa  166  9e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0716  peptide/oligopeptide/nickel ABC transporter substrate-binding protein  30.09 
 
 		 541 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4660  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 540 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.845725  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 527 aa  163  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 516 aa  161  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 528 aa  161  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1660  extracellular solute-binding protein family 5  29.68 
 
 		 539 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.40005  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  28.84 
 
 		 544 aa  158  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 521 aa  157  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4049  twin-arginine translocation pathway signal  29.68 
 
 		 539 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 543 aa  154  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  28.57 
 
 		 535 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 528 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  27.62 
 
 		 531 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  27.92 
 
 		 523 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 501 aa  152  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 		 544 aa  151  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 532 aa  150  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.77 
 
 		 509 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  28.71 
 
 		 518 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.62 
 
 		 510 aa  148  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0407  extracellular solute-binding protein family 5  27.06 
 
 		 528 aa  147  3e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00229954  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 		 547 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 501 aa  146  9e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  24.43 
 
 		 520 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 		 547 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 521 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.61 
 
 		 534 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  28.63 
 
 		 502 aa  144  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 505 aa  143  8e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2418  ABC transporter extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 544 aa  143  8e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.311467  hitchhiker  0.0000215968 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 503 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  29.42 
 
 		 510 aa  142  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.54 
 
 		 503 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 		 514 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 532 aa  141  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 546 aa  140  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.36 
 
 		 538 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  28.16 
 
 		 538 aa  139  8.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 545 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  29.45 
 
 		 538 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2113  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.44 
 
 		 539 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.37 
 
 		 516 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.25 
 
 		 563 aa  139  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 		 536 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 		 556 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  27.54 
 
 		 532 aa  136  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  25.93 
 
 		 560 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 		 529 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 547 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 547 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 566 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.502409 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.1 
 
 		 509 aa  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  27.37 
 
 		 546 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 529 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.57 
 
 		 533 aa  135  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  26.5 
 
 		 533 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 538 aa  134  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 575 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 511 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.74 
 
 		 541 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 489 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.96 
 
 		 537 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  30.68 
 
 		 504 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 		 536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 533 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2247  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 535 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0125251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 517 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.29 
 
 		 529 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 544 aa  130  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 519 aa  130  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2938  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 		 530 aa  130  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.743642  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>