More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2113 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2113  putative ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
539 aa  1101    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0882  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  41.26 
 
 
539 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0716  peptide/oligopeptide/nickel ABC transporter substrate-binding protein  38.83 
 
 
541 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4660  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 
540 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.845725  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1660  extracellular solute-binding protein family 5  37.43 
 
 
539 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.40005  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4049  twin-arginine translocation pathway signal  37.25 
 
 
539 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684503  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2418  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.85 
 
 
544 aa  357  3.9999999999999996e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.311467  hitchhiker  0.0000215968 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
516 aa  161  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  29.39 
 
 
547 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.25 
 
 
516 aa  154  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  28.68 
 
 
547 aa  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 
516 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.06 
 
 
516 aa  150  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  28.01 
 
 
516 aa  150  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  28.06 
 
 
516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 
516 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 
531 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0389  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 
527 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000716553  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  28.91 
 
 
531 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
518 aa  145  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
538 aa  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
540 aa  145  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.63 
 
 
540 aa  144  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 
543 aa  144  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  27.5 
 
 
516 aa  142  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  28.28 
 
 
531 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
530 aa  143  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 
536 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
537 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 
515 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  26.32 
 
 
536 aa  140  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  27.88 
 
 
540 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5381  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.44 
 
 
524 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.121189  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
546 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  28.6 
 
 
502 aa  139  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  31.5 
 
 
516 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
528 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.4 
 
 
550 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 
514 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 
536 aa  137  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  32.7 
 
 
533 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  32.7 
 
 
533 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.44 
 
 
521 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.44 
 
 
521 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.44 
 
 
521 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
521 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
533 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 
536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.51 
 
 
533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.06 
 
 
514 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  28.83 
 
 
514 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  28.71 
 
 
531 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 
538 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 
514 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
564 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 
533 aa  134  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.26 
 
 
521 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.89 
 
 
534 aa  133  7.999999999999999e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 
531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 
533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
522 aa  131  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  29.58 
 
 
533 aa  131  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 
533 aa  131  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  29.48 
 
 
512 aa  130  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
512 aa  130  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 
505 aa  130  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1084  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.51 
 
 
539 aa  130  8.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  29.25 
 
 
512 aa  130  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  29.01 
 
 
512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 
535 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  29.01 
 
 
512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  29.01 
 
 
512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.12 
 
 
520 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  29.88 
 
 
520 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.71 
 
 
512 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.39 
 
 
542 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
517 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.47 
 
 
512 aa  128  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.47 
 
 
512 aa  128  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.47 
 
 
512 aa  128  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.67 
 
 
563 aa  128  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.91 
 
 
512 aa  128  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
532 aa  127  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.1 
 
 
517 aa  127  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  24.95 
 
 
540 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  28.47 
 
 
512 aa  127  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  28.47 
 
 
512 aa  127  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 
520 aa  126  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 
519 aa  126  9e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 
512 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  31.61 
 
 
489 aa  126  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  28.64 
 
 
517 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>