More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0334 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0334  Transketolase central region  100 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05490  transketolase subunit B  60.84 
 
 		 325 aa  356  2.9999999999999997e-97  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.948034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09040  transketolase subunit B  61.74 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.28283  normal  0.0525296 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1997  Transketolase central region  59.74 
 
 		 321 aa  320  1.9999999999999998e-86  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329881 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  50.17 
 
 		 317 aa  311  7.999999999999999e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  50.98 
 
 		 306 aa  310  2e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0711  Transketolase central region  48.03 
 
 		 315 aa  301  7.000000000000001e-81  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000202012  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  50 
 
 		 310 aa  298  1e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  46.08 
 
 		 311 aa  294  1e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  49.01 
 
 		 310 aa  293  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  49.83 
 
 		 314 aa  292  4e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  49.83 
 
 		 314 aa  292  4e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  47.39 
 
 		 306 aa  290  2e-77  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  48.36 
 
 		 312 aa  285  5e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  47.04 
 
 		 312 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  47.04 
 
 		 312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  51.88 
 
 		 311 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  47.06 
 
 		 317 aa  281  8.000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  48.04 
 
 		 320 aa  280  2e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  46.08 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0183  Transketolase central region  47.49 
 
 		 320 aa  279  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  46.05 
 
 		 312 aa  279  5e-74  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  47.04 
 
 		 327 aa  279  5e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  45.72 
 
 		 312 aa  278  6e-74  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  45.72 
 
 		 327 aa  277  2e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  50 
 
 		 313 aa  276  3e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  48.39 
 
 		 313 aa  275  7e-73  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  47.99 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  46.73 
 
 		 318 aa  272  4.0000000000000004e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  46.6 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  45.07 
 
 		 326 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  49.49 
 
 		 321 aa  268  8.999999999999999e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  44.74 
 
 		 327 aa  267  1e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  47.7 
 
 		 311 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  48.7 
 
 		 317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  44.08 
 
 		 322 aa  265  5.999999999999999e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  51.82 
 
 		 308 aa  265  7e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  44.55 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  47.32 
 
 		 317 aa  264  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  44.41 
 
 		 326 aa  263  4e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  43.29 
 
 		 305 aa  261  6.999999999999999e-69  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  43.75 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  50.68 
 
 		 311 aa  259  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  49.03 
 
 		 314 aa  258  9e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1173  Transketolase central region  44.74 
 
 		 327 aa  257  1e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000393635  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0237  transketolase subunit B  48.84 
 
 		 311 aa  256  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3074  transketolase, central region  53.38 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0289222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0470  Transketolase central region  50.33 
 
 		 318 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0300  transketolase central region  41.1 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0477096 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  43.81 
 
 		 319 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2918  transketolase, C-terminal subunit  49.01 
 
 		 314 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  41.97 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1878  transketolase subunit B  40.07 
 
 		 312 aa  229  5e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0809  transketolase central region  43.21 
 
 		 592 aa  222  8e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.32467  normal  0.55266 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2254  Transketolase domain protein  41.69 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655402  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  40.92 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1792  transketolase subunit B  41.06 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0407  transketolase central region  40.85 
 
 		 323 aa  212  5.999999999999999e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0194561  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0338  Transketolase central region  42.52 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2842  transketolase subunit B  38.41 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.837175  normal  0.299247 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1277  Transketolase central region  39 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3364  Transketolase domain protein  37.09 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2689  transketolase domain-containing protein  39.12 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2581  transketolase domain-containing protein  39.12 
 
 		 317 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.230809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2526  transketolase domain protein  39.12 
 
 		 317 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.508569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2481  transketolase domain protein  38.78 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.120495  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  39.79 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2444  transketolase subunit B  39.61 
 
 		 313 aa  205  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2569  transketolase domain protein  38.44 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.126502  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1775  transketolase, central region  40.52 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4663  transketolase central region  42.36 
 
 		 328 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2032  Transketolase domain protein  40.83 
 
 		 318 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.262756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2110  transketolase, central region  39.68 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.44874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0789  transketolase central region  39.54 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0894  transketolase subunit B  39.35 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1468  Transketolase central region  37.12 
 
 		 314 aa  192  4e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3949  Transketolase domain protein  37.21 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  38.82 
 
 		 322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6295  Transketolase central region  39.61 
 
 		 332 aa  189  4e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1923  transketolase domain-containing protein  36.98 
 
 		 315 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2126  Transketolase domain protein  36.88 
 
 		 320 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3878  transketolase, central region  37.04 
 
 		 342 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5659  Transketolase central region  39.73 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252415  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3248  putative transketolase, C-terminal subunit  34.9 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3382  transketolase domain-containing protein  34.56 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  37.79 
 
 		 348 aa  180  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3642  Transketolase central region  35.46 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2402  transketolase, C-terminal subunit  35.84 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.730568  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2800  Transketolase central region  35.41 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1146  Transketolase domain protein  33.9 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2041  transketolase central region  38.05 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.522483 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3528  Transketolase central region  35.39 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605284  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  38.87 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2448  deoxyxylulose-5-phosphate synthase  38.72 
 
 		 631 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1050  transketolase  35.85 
 
 		 635 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1062  transketolase  35.85 
 
 		 635 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0486  Transketolase domain protein  38.26 
 
 		 313 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  37.62 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2646  Transketolase domain protein  34.71 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0477221  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  35.81 
 
 		 332 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>