More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3878 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3878  transketolase, central region  100 
 
 		 342 aa  698    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  46.1 
 
 		 312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  46.38 
 
 		 310 aa  259  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  46.05 
 
 		 310 aa  258  8e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  42.43 
 
 		 306 aa  249  5e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  43.81 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  48.85 
 
 		 311 aa  248  9e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  41.39 
 
 		 317 aa  245  6e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  45.72 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  40.58 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  47.4 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  41.56 
 
 		 321 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  39.94 
 
 		 318 aa  239  5.999999999999999e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  41.42 
 
 		 314 aa  235  7e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  41.39 
 
 		 305 aa  235  9e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  40.51 
 
 		 319 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  42.47 
 
 		 326 aa  232  7.000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0470  Transketolase central region  46.38 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2918  transketolase, C-terminal subunit  46.75 
 
 		 314 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  40.94 
 
 		 327 aa  229  5e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  39.94 
 
 		 317 aa  228  8e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  44.03 
 
 		 311 aa  228  8e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  42.14 
 
 		 327 aa  229  8e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  43.34 
 
 		 326 aa  228  8e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  41.81 
 
 		 327 aa  228  9e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  39.94 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  41.81 
 
 		 327 aa  227  2e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  40.66 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  38.39 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1173  Transketolase central region  42.81 
 
 		 327 aa  226  4e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000393635  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  46.92 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  45.1 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  41.64 
 
 		 313 aa  226  6e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  40 
 
 		 317 aa  225  8e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0183  Transketolase central region  40.4 
 
 		 320 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09040  transketolase subunit B  40.98 
 
 		 315 aa  223  4.9999999999999996e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.28283  normal  0.0525296 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  39.03 
 
 		 312 aa  222  9e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  40.2 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  40.72 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  40.72 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0809  transketolase central region  39.93 
 
 		 592 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.32467  normal  0.55266 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0237  transketolase subunit B  42.76 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  38.69 
 
 		 312 aa  220  3e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  38.61 
 
 		 312 aa  219  5e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3074  transketolase, central region  46.1 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0289222  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  38.36 
 
 		 312 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0711  Transketolase central region  42.16 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000202012  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05490  transketolase subunit B  40.06 
 
 		 325 aa  216  4e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.948034 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  37.86 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  38.64 
 
 		 317 aa  211  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1997  Transketolase central region  40.52 
 
 		 321 aa  210  3e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329881 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1792  transketolase subunit B  40.72 
 
 		 310 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0300  transketolase central region  37.94 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0477096 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  37.83 
 
 		 336 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1878  transketolase subunit B  33.67 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  36.75 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1468  Transketolase central region  34.87 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1713  transketolase central region  37.87 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.548893  normal  0.0621953 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1277  Transketolase central region  35.39 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0789  transketolase central region  36.84 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0338  Transketolase central region  37.74 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1775  transketolase, central region  36.09 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2110  transketolase, central region  36.18 
 
 		 314 aa  182  6e-45  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.44874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  36.18 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3269  transketolase subunit B  35.64 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1462  transketolase subunit B  35.29 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.304967 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0894  transketolase subunit B  35.86 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  35.22 
 
 		 332 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1852  deoxyxylulose-5-phosphate synthase  34.29 
 
 		 640 aa  176  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  34.66 
 
 		 322 aa  176  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5275  transketolase, central region  37.33 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  34.87 
 
 		 348 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1717  Transketolase central region  33.99 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6139  Transketolase central region  34.22 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3312  Transketolase central region  33.89 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  34.48 
 
 		 322 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2718  transketolase subunit B  35.56 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2041  transketolase central region  33.56 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.522483 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6422  transketolase, central region  35.15 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6657  transketolase, central region  35.15 
 
 		 332 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3003  transketolase central region  35.29 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4411  transketolase, central region  34.55 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0682016 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0334  Transketolase central region  37.04 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  34.25 
 
 		 333 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6255  transketolase central region  34.81 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.156319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0415  Transketolase central region  33.23 
 
 		 624 aa  169  6e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4930  transketolase central region  34.81 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5659  Transketolase central region  35.23 
 
 		 333 aa  169  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252415  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0049  transketolase  34.19 
 
 		 626 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2744  transketolase central region  34.64 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0728122  normal  0.0592981 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3958  transketolase subunit B  33.77 
 
 		 340 aa  166  5e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.158278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4275  transketolase central region  34.01 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36720  transketolase  38.28 
 
 		 614 aa  165  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.148891  normal  0.641961 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2254  Transketolase domain protein  34.11 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655402  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4663  transketolase central region  34.23 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2367  Transketolase central region  32.9 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  0.0327946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2699  transketolase subunit B  35.82 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2092  transketolase central region  32.9 
 
 		 339 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0261  Transketolase central region  34 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.885505 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0419  transketolase central region  37.18 
 
 		 630 aa  163  3e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.218492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>