More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2705 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  100 
 
 
311 aa  634    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  64.57 
 
 
306 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  64.86 
 
 
314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  64.86 
 
 
314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  61.54 
 
 
313 aa  385  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  58.97 
 
 
312 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  57.1 
 
 
311 aa  378  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  59.03 
 
 
313 aa  374  1e-102  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  57.79 
 
 
310 aa  371  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  56.45 
 
 
317 aa  368  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  57.47 
 
 
310 aa  368  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0470  Transketolase central region  59.94 
 
 
318 aa  361  9e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3074  transketolase, central region  62.94 
 
 
313 aa  360  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0289222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  55.13 
 
 
321 aa  357  9.999999999999999e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  60.91 
 
 
308 aa  354  1e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  58.5 
 
 
311 aa  351  8.999999999999999e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  57.05 
 
 
314 aa  350  3e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  57.47 
 
 
311 aa  348  5e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0237  transketolase subunit B  58.58 
 
 
311 aa  346  3e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  54.22 
 
 
327 aa  343  2e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  56.45 
 
 
313 aa  341  8e-93  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0711  Transketolase central region  55.08 
 
 
315 aa  339  2.9999999999999998e-92  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000202012  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  52.63 
 
 
305 aa  338  9e-92  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  54.3 
 
 
306 aa  337  9.999999999999999e-92  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  53.09 
 
 
327 aa  338  9.999999999999999e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2918  transketolase, C-terminal subunit  56.09 
 
 
314 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  52.77 
 
 
327 aa  330  2e-89  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  52.1 
 
 
322 aa  329  4e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  53.09 
 
 
327 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  51.47 
 
 
326 aa  326  3e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  52.77 
 
 
326 aa  325  4.0000000000000003e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  50.97 
 
 
318 aa  323  3e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1173  Transketolase central region  52.44 
 
 
327 aa  322  7e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000393635  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  49.03 
 
 
317 aa  315  8e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  50.49 
 
 
319 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  53.38 
 
 
312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  50.8 
 
 
314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  50.65 
 
 
317 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  50.32 
 
 
319 aa  312  5.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  53.11 
 
 
312 aa  312  5.999999999999999e-84  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  52.9 
 
 
312 aa  310  2e-83  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  52.9 
 
 
312 aa  310  2e-83  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05490  transketolase subunit B  50.16 
 
 
325 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.948034 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09040  transketolase subunit B  48.87 
 
 
315 aa  309  4e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.28283  normal  0.0525296 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  50.65 
 
 
310 aa  308  5.9999999999999995e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  49.35 
 
 
320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0300  transketolase central region  47.06 
 
 
324 aa  300  3e-80  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0477096 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  47.06 
 
 
317 aa  295  9e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1997  Transketolase central region  46.93 
 
 
321 aa  294  2e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329881 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0183  Transketolase central region  44.77 
 
 
320 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1878  transketolase subunit B  46.58 
 
 
312 aa  276  2e-73  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  46.41 
 
 
317 aa  273  4.0000000000000004e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  44.37 
 
 
336 aa  271  9e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0338  Transketolase central region  45.54 
 
 
319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0334  Transketolase central region  47.7 
 
 
308 aa  266  5e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2254  Transketolase domain protein  43.61 
 
 
318 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655402  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0809  transketolase central region  44.81 
 
 
592 aa  255  5e-67  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.32467  normal  0.55266 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0789  transketolase central region  43.41 
 
 
314 aa  251  9.000000000000001e-66  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1277  Transketolase central region  43.31 
 
 
313 aa  250  2e-65  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  42.76 
 
 
322 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1775  transketolase, central region  43.41 
 
 
314 aa  249  3e-65  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3364  Transketolase domain protein  43.18 
 
 
317 aa  248  1e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3878  transketolase, central region  45.1 
 
 
342 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0894  transketolase subunit B  42.81 
 
 
314 aa  247  1e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2110  transketolase, central region  42.44 
 
 
314 aa  246  4e-64  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.44874  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3949  Transketolase domain protein  41.39 
 
 
338 aa  242  6e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2842  transketolase subunit B  41.61 
 
 
317 aa  241  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.837175  normal  0.299247 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2032  Transketolase domain protein  43.28 
 
 
318 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.262756  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1468  Transketolase central region  41.23 
 
 
314 aa  237  2e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  43.79 
 
 
333 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1792  transketolase subunit B  40.07 
 
 
310 aa  236  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2718  transketolase subunit B  43.41 
 
 
340 aa  235  9e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2689  transketolase domain-containing protein  41.1 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2526  transketolase domain protein  41.1 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.508569 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2581  transketolase domain-containing protein  41.1 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.230809  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1462  transketolase subunit B  43.97 
 
 
332 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.304967 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2237  transketolase  42.94 
 
 
689 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.822135 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2744  transketolase central region  43.04 
 
 
342 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0728122  normal  0.0592981 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2481  transketolase domain protein  40.78 
 
 
317 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.120495  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2569  transketolase domain protein  40.78 
 
 
317 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.126502  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3312  Transketolase central region  41.91 
 
 
332 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5275  transketolase, central region  42.77 
 
 
335 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  41.8 
 
 
332 aa  230  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0718  transketolase, central region  43.71 
 
 
334 aa  229  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1717  Transketolase central region  41.23 
 
 
347 aa  229  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2444  transketolase subunit B  41.03 
 
 
313 aa  229  4e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2092  transketolase central region  41.91 
 
 
339 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2367  Transketolase central region  41.91 
 
 
339 aa  229  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  0.0327946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4383  Transketolase central region  43.42 
 
 
342 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967269  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  40.98 
 
 
348 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3269  transketolase subunit B  41.56 
 
 
337 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  41.97 
 
 
322 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0407  transketolase central region  40.97 
 
 
323 aa  226  3e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0194561  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  40.84 
 
 
332 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6139  Transketolase central region  40.91 
 
 
332 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47666  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6422  transketolase, central region  40.89 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6657  transketolase, central region  40.89 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4275  transketolase central region  42.3 
 
 
338 aa  222  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4930  transketolase central region  42.14 
 
 
332 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4411  transketolase, central region  42.19 
 
 
332 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0682016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>