More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2935 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  100 
 
 		 317 aa  654    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  81.39 
 
 		 317 aa  536  1e-151  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  79.75 
 
 		 319 aa  529  1e-149  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  79.18 
 
 		 318 aa  525  1e-148  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0183  Transketolase central region  72.49 
 
 		 320 aa  481  1e-135  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  72.24 
 
 		 317 aa  481  1e-135  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  76.34 
 
 		 317 aa  480  1e-134  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  71.29 
 
 		 320 aa  476  1e-133  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  58.1 
 
 		 327 aa  375  1e-103  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  58.28 
 
 		 327 aa  375  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  57.91 
 
 		 327 aa  372  1e-102  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  57.01 
 
 		 326 aa  365  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  56.83 
 
 		 326 aa  362  4e-99  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  57.14 
 
 		 327 aa  362  6e-99  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1173  Transketolase central region  57.32 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000393635  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  53.99 
 
 		 314 aa  331  1e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  53.99 
 
 		 314 aa  331  1e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  50.96 
 
 		 321 aa  322  6e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  52.33 
 
 		 306 aa  316  4e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  51.92 
 
 		 313 aa  308  5e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  47.42 
 
 		 311 aa  308  8e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  49.03 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  51.32 
 
 		 306 aa  301  8.000000000000001e-81  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  49.35 
 
 		 312 aa  297  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  49.67 
 
 		 313 aa  294  1e-78  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  50.65 
 
 		 311 aa  293  4e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05490  transketolase subunit B  47.27 
 
 		 325 aa  291  9e-78  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.948034 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0470  Transketolase central region  52.26 
 
 		 318 aa  290  2e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  46.91 
 
 		 313 aa  288  6e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  47.71 
 
 		 310 aa  287  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  48.37 
 
 		 314 aa  287  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  49.83 
 
 		 311 aa  287  2e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  45.39 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  49.67 
 
 		 311 aa  286  4e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09040  transketolase subunit B  47.74 
 
 		 315 aa  285  5e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.28283  normal  0.0525296 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3074  transketolase, central region  52.26 
 
 		 313 aa  285  5e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0289222  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  51.48 
 
 		 308 aa  285  8e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  47.06 
 
 		 310 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0237  transketolase subunit B  50.16 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  47.19 
 
 		 312 aa  279  5e-74  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  46.35 
 
 		 314 aa  279  5e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  46.38 
 
 		 312 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  45.87 
 
 		 312 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  45.72 
 
 		 312 aa  271  1e-71  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0711  Transketolase central region  44.48 
 
 		 315 aa  268  1e-70  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000202012  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2918  transketolase, C-terminal subunit  47.39 
 
 		 314 aa  263  3e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0300  transketolase central region  42.41 
 
 		 324 aa  258  9e-68  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0477096 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1997  Transketolase central region  43.04 
 
 		 321 aa  255  6e-67  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329881 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0338  Transketolase central region  44.95 
 
 		 319 aa  252  7e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  43.09 
 
 		 310 aa  250  2e-65  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  41.75 
 
 		 322 aa  246  4e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2254  Transketolase domain protein  40.72 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655402  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0334  Transketolase central region  47.32 
 
 		 308 aa  243  5e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  42.58 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  39.35 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  38.41 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0809  transketolase central region  40.13 
 
 		 592 aa  227  3e-58  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.32467  normal  0.55266 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  40.07 
 
 		 336 aa  226  4e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3878  transketolase, central region  40 
 
 		 342 aa  225  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2032  Transketolase domain protein  39.74 
 
 		 318 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.262756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2444  transketolase subunit B  38.51 
 
 		 313 aa  222  8e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1462  transketolase subunit B  38.19 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.304967 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3312  Transketolase central region  37.58 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2718  transketolase subunit B  39.46 
 
 		 340 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1878  transketolase subunit B  38 
 
 		 312 aa  221  1.9999999999999999e-56  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3269  transketolase subunit B  37.54 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5275  transketolase, central region  39.26 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0407  transketolase central region  37.83 
 
 		 323 aa  217  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0194561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  38.51 
 
 		 332 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  37.22 
 
 		 348 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1717  Transketolase central region  36.36 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0486  Transketolase domain protein  40.29 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4411  transketolase, central region  38.93 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0682016 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1468  Transketolase central region  37.46 
 
 		 314 aa  209  6e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4930  transketolase central region  38.85 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4275  transketolase central region  37.46 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  39.46 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2744  transketolase central region  37.54 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0728122  normal  0.0592981 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6255  transketolase central region  38.33 
 
 		 332 aa  207  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.156319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3364  Transketolase domain protein  37.7 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6422  transketolase, central region  38.33 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6657  transketolase, central region  38.33 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0718  transketolase, central region  38.46 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6139  Transketolase central region  37.01 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47666  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3618  transketolase subunit B  38 
 
 		 331 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4383  Transketolase central region  39.26 
 
 		 342 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967269  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2842  transketolase subunit B  39.22 
 
 		 317 aa  205  7e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.837175  normal  0.299247 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1923  transketolase domain-containing protein  38.33 
 
 		 315 aa  205  8e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  38.21 
 
 		 332 aa  205  8e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2367  Transketolase central region  37.33 
 
 		 339 aa  205  8e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  0.0327946 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2092  transketolase central region  37.33 
 
 		 339 aa  205  8e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0261  Transketolase central region  37.92 
 
 		 339 aa  205  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.885505 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2689  transketolase domain-containing protein  38.82 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2526  transketolase domain protein  38.82 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.508569 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2581  transketolase domain-containing protein  38.82 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.230809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3641  transketolase, central region  38 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0415  Transketolase central region  37.62 
 
 		 624 aa  204  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36720  transketolase  35.81 
 
 		 614 aa  204  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.148891  normal  0.641961 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2569  transketolase domain protein  38.82 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.126502  normal  0.742091 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2481  transketolase domain protein  38.82 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.120495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>