More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1717 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_1717  Transketolase central region  100 
 
 		 347 aa  695    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3958  transketolase subunit B  75.85 
 
 		 340 aa  503  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.158278  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0406  Transketolase central region  76.92 
 
 		 343 aa  497  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3347  Transketolase central region  76.38 
 
 		 331 aa  489  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.027962  normal  0.023237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5275  transketolase, central region  69.39 
 
 		 335 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2718  transketolase subunit B  69.54 
 
 		 340 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2744  transketolase central region  70.03 
 
 		 342 aa  448  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0728122  normal  0.0592981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4383  Transketolase central region  69.82 
 
 		 342 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1462  transketolase subunit B  67.27 
 
 		 332 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.304967 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2506  Transketolase central region  70.9 
 
 		 343 aa  435  1e-121  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.165482 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0718  transketolase, central region  65.96 
 
 		 334 aa  435  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3003  transketolase central region  68.42 
 
 		 340 aa  433  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4991  transketolase central region  64.46 
 
 		 332 aa  429  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.908463 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4778  transketolase subunit B  63.44 
 
 		 332 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3312  Transketolase central region  63 
 
 		 332 aa  422  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6422  transketolase, central region  63.25 
 
 		 332 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4411  transketolase, central region  62.65 
 
 		 332 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0682016 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6657  transketolase, central region  63.25 
 
 		 332 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6255  transketolase central region  62.95 
 
 		 332 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.156319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3269  transketolase subunit B  63.39 
 
 		 337 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.444228 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0261  Transketolase central region  65.94 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.885505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6139  Transketolase central region  63.14 
 
 		 332 aa  417  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.47666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2367  Transketolase central region  65.33 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.438048  normal  0.0327946 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4930  transketolase central region  62.65 
 
 		 332 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2092  transketolase central region  65.33 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.147262 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5878  transketolase central region  65.33 
 
 		 333 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2613  transketolase central region  60.61 
 
 		 333 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0875571  normal  0.474338 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4275  transketolase central region  61.01 
 
 		 338 aa  406  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3618  transketolase subunit B  60.12 
 
 		 331 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189872  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1539  transketolase central region  61.77 
 
 		 348 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.844968  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3641  transketolase, central region  60.63 
 
 		 334 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0727  transketolase central region  62.16 
 
 		 335 aa  391  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2699  transketolase subunit B  64.24 
 
 		 288 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0901  transketolase, central region  46.58 
 
 		 336 aa  283  3.0000000000000004e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1713  transketolase central region  46.75 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.548893  normal  0.0621953 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1527  Transketolase central region  44.22 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1130  transketolase central region  41.42 
 
 		 336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4834  transketolase central region  41.06 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0969  transketolase, central region  38.28 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.86113  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0492  transketolase, central region  42.28 
 
 		 312 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1170  transketolase subunit B  40.69 
 
 		 326 aa  229  4e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000103125  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0293  putative transketolase, C-terminal subunit  39.87 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0288  transketolase  39.87 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000211069  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0874  Transketolase central region  39.69 
 
 		 326 aa  227  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0244  Transketolase central region  37.05 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.304733  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1286  transketolase-like  40.38 
 
 		 327 aa  225  9e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.290354  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00875  transketolase, C-terminal subunit  38.02 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0265  Transketolase central region  40.07 
 
 		 310 aa  219  7e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00214892 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0280  Transketolase central region  40.07 
 
 		 310 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741894  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1192  transketolase-like  37.58 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3967  Transketolase central region  42.05 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000645501  unclonable  0.000000000133165 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0881  Transketolase central region  39.56 
 
 		 327 aa  215  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000876605  normal  0.0478781 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0244  transketolase-like protein  39.48 
 
 		 311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2019  Transketolase central region  37.07 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.6126  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0860  Transketolase domain protein  40.59 
 
 		 310 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.476833  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1173  Transketolase central region  38.71 
 
 		 327 aa  212  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000393635  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4744  Transketolase central region  41.89 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2935  Transketolase central region  36.36 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0333  Transketolase central region  38.21 
 
 		 322 aa  211  2e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2705  transketolase subunit B  41.23 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194197  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2719  transketolase, C-terminal subunit  43.96 
 
 		 311 aa  210  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0237  transketolase subunit B  45.25 
 
 		 311 aa  209  5e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1895  transketolase, C-terminal subunit  36.39 
 
 		 318 aa  209  5e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759771 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0438  transketolase central region  34.69 
 
 		 312 aa  207  3e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0397028  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1178  Transketolase central region  39.49 
 
 		 327 aa  207  3e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0058066  normal  0.0131189 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1381  Transketolase central region  36.33 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2213  transketolase subunit B  37.34 
 
 		 317 aa  206  5e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000528401  hitchhiker  0.000741425 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1505  transketolase central region  32.69 
 
 		 314 aa  205  8e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0385912  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0975  Transketolase central region  36.13 
 
 		 317 aa  205  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.127122  normal  0.063318 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1554  transketolase central region  35.37 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0600642  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0365  transketolase central region  35.37 
 
 		 312 aa  203  4e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.556876  normal  0.0129681 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0471  transketolase subunit B  35.37 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0285277  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0873  Transketolase central region  36.21 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.199119  hitchhiker  0.00317558 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2059  Transketolase central region  35.74 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1860  Transketolase central region  39.6 
 
 		 321 aa  199  6e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0711  Transketolase central region  37.5 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000202012  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2077  transketolase, central region  41.72 
 
 		 308 aa  196  6e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4663  transketolase central region  40.74 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0183  Transketolase central region  35.13 
 
 		 320 aa  193  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0049  transketolase, central region  36.74 
 
 		 317 aa  192  9e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0470  Transketolase central region  42.53 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0552  transketolase subunit B  40.89 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3074  transketolase, central region  41.23 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0289222  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1792  transketolase subunit B  36.54 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0173  Transketolase central region  36.74 
 
 		 313 aa  185  8e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1878  transketolase subunit B  37.25 
 
 		 312 aa  185  8e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3129  transketolase domain-containing protein  36.74 
 
 		 322 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2918  transketolase, C-terminal subunit  41.44 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1775  transketolase, central region  38.13 
 
 		 314 aa  182  9.000000000000001e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1058  transketolase subunit B  38.01 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847424 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2513  transketolase subunit B  37.58 
 
 		 322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5659  Transketolase central region  38.72 
 
 		 333 aa  180  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252415  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3949  Transketolase domain protein  37.42 
 
 		 338 aa  179  4.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2110  transketolase, central region  36.25 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.44874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2041  transketolase central region  37 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.522483 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2254  Transketolase domain protein  36.82 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.655402  normal  0.0447096 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3878  transketolase, central region  33.99 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.733485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05490  transketolase subunit B  35.69 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.948034 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1686  1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase  33.12 
 
 		 659 aa  171  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1468  Transketolase central region  32.66 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>