111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_1893 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_1893  phage-related integrase  100 
 
 		 179 aa  367  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1638  phage-related integrase  78.75 
 
 		 129 aa  127  8.000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1581  hypothetical protein  88.06 
 
 		 109 aa  124  6e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0915867  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4008  phage-related integrase  36.67 
 
 		 398 aa  103  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0473  integrase family protein  35.67 
 
 		 377 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1170  integrase family protein  36.21 
 
 		 368 aa  89  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.429636 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1144  hypothetical protein  63.64 
 
 		 70 aa  84  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3026  hypothetical protein  31.52 
 
 		 403 aa  67.8  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85184  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2692  phage integrase  30.43 
 
 		 404 aa  64.7  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.344187  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  28.49 
 
 		 334 aa  62  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3311  phage integrase  32.61 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3803  integrase family protein  30.3 
 
 		 368 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3869  integrase family protein  27.53 
 
 		 381 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  40.26 
 
 		 305 aa  52  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  26.4 
 
 		 332 aa  51.6  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3365  phage integrase  27.56 
 
 		 412 aa  51.6  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1721  phage integrase family protein  25.42 
 
 		 332 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  31.55 
 
 		 375 aa  50.1  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2501  integrase family protein  30.77 
 
 		 348 aa  50.1  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.137002  normal  0.0538174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  29.23 
 
 		 331 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  30.36 
 
 		 320 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.23 
 
 		 305 aa  48.9  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  27.83 
 
 		 414 aa  48.5  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  27.43 
 
 		 296 aa  48.1  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4124  integrase family protein  25.93 
 
 		 385 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  28.65 
 
 		 302 aa  48.1  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  37.5 
 
 		 295 aa  47.4  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  27.85 
 
 		 336 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3548  phage integrase family protein  30.12 
 
 		 209 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.339654  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  30.12 
 
 		 381 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  27.4 
 
 		 307 aa  46.6  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  37.97 
 
 		 304 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.65 
 
 		 322 aa  46.2  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1492  phage integrase family protein  25.44 
 
 		 134 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0203  phage integrase family protein  42.11 
 
 		 353 aa  46.2  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  29.05 
 
 		 326 aa  45.8  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  25.82 
 
 		 336 aa  46.2  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  30.36 
 
 		 322 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  35.8 
 
 		 364 aa  45.4  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 		 317 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 295 aa  45.1  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 295 aa  45.1  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.17 
 
 		 315 aa  45.1  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  30.12 
 
 		 381 aa  45.4  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.2 
 
 		 323 aa  45.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.31 
 
 		 347 aa  45.1  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.06 
 
 		 318 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  29.34 
 
 		 323 aa  44.3  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0430  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 132 aa  44.3  0.0009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000124708  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.61 
 
 		 351 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  26.14 
 
 		 401 aa  44.3  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.87 
 
 		 329 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2413  phage integrase  23.85 
 
 		 400 aa  43.9  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.786857  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 315 aa  44.3  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  23.12 
 
 		 295 aa  43.9  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0967  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 324 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.53 
 
 		 324 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  29.52 
 
 		 329 aa  43.9  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  29.07 
 
 		 310 aa  43.9  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  26.42 
 
 		 310 aa  43.5  0.002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  27.22 
 
 		 297 aa  43.5  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.48 
 
 		 318 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.31 
 
 		 300 aa  43.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.48 
 
 		 318 aa  43.1  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 		 297 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  36.21 
 
 		 299 aa  43.5  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  28.4 
 
 		 337 aa  43.5  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  42.31 
 
 		 300 aa  43.1  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  34.57 
 
 		 443 aa  43.1  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  28.4 
 
 		 332 aa  43.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3153  tyrosine recombinase XerD  29.76 
 
 		 443 aa  42.4  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.408525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1392  putative phage related integrase  25.76 
 
 		 474 aa  42.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.107994  normal  0.0869057 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.19 
 
 		 298 aa  42.4  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.71 
 
 		 295 aa  42  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0526  phage integrase family protein  27.42 
 
 		 189 aa  42.4  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0707528  normal  0.625905 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.48 
 
 		 311 aa  42  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  28.92 
 
 		 305 aa  42.4  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  46.81 
 
 		 324 aa  42.4  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  42  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  33.8 
 
 		 310 aa  42  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  26.46 
 
 		 319 aa  41.6  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.22 
 
 		 296 aa  42  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.22 
 
 		 296 aa  42  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.36 
 
 		 311 aa  42  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  42  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  42  0.005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  42  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  41.6  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  41.6  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  41.6  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  41.6  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 317 aa  41.6  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  34.07 
 
 		 297 aa  41.6  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  32.35 
 
 		 299 aa  41.6  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  37.68 
 
 		 346 aa  41.6  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.05 
 
 		 300 aa  41.6  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.58 
 
 		 296 aa  41.6  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  36.21 
 
 		 298 aa  41.6  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.99 
 
 		 315 aa  41.6  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.99 
 
 		 315 aa  41.6  0.007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>