50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3311 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3311  phage integrase  100 
 
 		 404 aa  828    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3365  phage integrase  58.4 
 
 		 412 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3869  integrase family protein  45.64 
 
 		 381 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0203  phage integrase family protein  40 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2413  phage integrase  37.23 
 
 		 400 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.786857  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3803  integrase family protein  36.46 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5804  integrase family protein  36.77 
 
 		 417 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4124  integrase family protein  35.52 
 
 		 385 aa  203  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2257  phage integrase family protein  36.04 
 
 		 363 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0034941  normal  0.642714 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1905  integrase family protein  29.69 
 
 		 440 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.583274 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0477  hypothetical protein  29.64 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15798 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2501  integrase family protein  27.32 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.137002  normal  0.0538174 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1170  integrase family protein  26.14 
 
 		 368 aa  74.3  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.429636 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  47.46 
 
 		 456 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  29.18 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1721  phage integrase family protein  29.5 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1893  phage-related integrase  30.38 
 
 		 179 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0473  integrase family protein  26.47 
 
 		 377 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  25.38 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1492  phage integrase family protein  33.59 
 
 		 134 aa  57.4  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  28.65 
 
 		 172 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  28 
 
 		 159 aa  53.5  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  29.07 
 
 		 354 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  29.07 
 
 		 354 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  24.4 
 
 		 386 aa  53.1  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  27.23 
 
 		 338 aa  51.6  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  35.53 
 
 		 258 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0017  integrase family protein  23.66 
 
 		 414 aa  49.7  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  30.88 
 
 		 305 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  24.87 
 
 		 352 aa  48.9  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  38.75 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  38.75 
 
 		 341 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 367 aa  47  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2865  site-specific recombinase XerD-like  31.18 
 
 		 417 aa  47  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.11888  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 310 aa  47  0.0007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  30.89 
 
 		 370 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2692  phage integrase  24.31 
 
 		 404 aa  46.2  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.344187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  37.5 
 
 		 336 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  25 
 
 		 369 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  31.87 
 
 		 305 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  36.25 
 
 		 407 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  38.36 
 
 		 378 aa  44.7  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  24.54 
 
 		 369 aa  44.3  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.2 
 
 		 296 aa  43.9  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  46.15 
 
 		 370 aa  43.9  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3903  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 99 aa  43.5  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.823274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  25.86 
 
 		 126 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  27.81 
 
 		 385 aa  43.5  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  28.89 
 
 		 369 aa  43.1  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0044  integrase family protein  34.92 
 
 		 337 aa  42.7  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.381266  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>