44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3365 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3365  phage integrase  100 
 
 
412 aa  844    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3311  phage integrase  58.4 
 
 
404 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3869  integrase family protein  45.27 
 
 
381 aa  323  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0203  phage integrase family protein  38.23 
 
 
353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3803  integrase family protein  36.41 
 
 
368 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2413  phage integrase  35.31 
 
 
400 aa  209  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.786857  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5804  integrase family protein  36.3 
 
 
417 aa  200  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4124  integrase family protein  34.07 
 
 
385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2257  phage integrase family protein  35.25 
 
 
363 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.0034941  normal  0.642714 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1905  integrase family protein  28.26 
 
 
440 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.583274 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1170  integrase family protein  29.48 
 
 
368 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.429636 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  26.57 
 
 
334 aa  77  0.0000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0477  hypothetical protein  32.5 
 
 
241 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.15798 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2501  integrase family protein  24.46 
 
 
348 aa  72.8  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.137002  normal  0.0538174 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  27.47 
 
 
332 aa  71.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  42.68 
 
 
456 aa  70.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1721  phage integrase family protein  27.11 
 
 
332 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108351  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0473  integrase family protein  25.2 
 
 
377 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1492  phage integrase family protein  30.47 
 
 
134 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278019 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  23.05 
 
 
421 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1893  phage-related integrase  27.56 
 
 
179 aa  51.6  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  25.38 
 
 
391 aa  51.2  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  28.76 
 
 
305 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00310  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.52 
 
 
429 aa  50.8  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  26.67 
 
 
352 aa  50.4  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  28.42 
 
 
378 aa  48.5  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2865  site-specific recombinase XerD-like  33.33 
 
 
417 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.11888  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.41 
 
 
367 aa  47  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  26.38 
 
 
172 aa  47  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0017  integrase family protein  24.82 
 
 
414 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  25.91 
 
 
338 aa  47  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  26.22 
 
 
159 aa  46.6  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  23.1 
 
 
274 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0344  phage integrase  24.07 
 
 
293 aa  45.1  0.002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0123208  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  29.82 
 
 
126 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  26.82 
 
 
304 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  28.68 
 
 
338 aa  44.7  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0194  phage integrase  28.89 
 
 
333 aa  44.7  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334318  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  46.15 
 
 
370 aa  45.1  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  33.8 
 
 
258 aa  44.3  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  33.77 
 
 
341 aa  44.3  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  33.77 
 
 
341 aa  44.3  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  32.93 
 
 
407 aa  43.1  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  35.9 
 
 
334 aa  43.1  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>