132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4122 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4122  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  672    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.765927  normal  0.256061 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  33.46 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2801  RpiR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 284 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 290 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 287 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 291 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1255  RpiR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 299 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4885  putative transcriptional regulator, RpiR family  25.76 
 
 		 298 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.586943  normal  0.761042 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1784  RpiR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760228  hitchhiker  0.0000000136615 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 292 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1440  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.520866  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  24.23 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1048  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 286 aa  91.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.656408  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3745  transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 284 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3443  transcriptional regulator, RpiR family  26.39 
 
 		 284 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2345  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 290 aa  89.4  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  21.93 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  21.58 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  21.4 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 289 aa  62.4  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  27.03 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  23.31 
 
 		 285 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2659  RpiR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  20.64 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 292 aa  59.3  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  22.46 
 
 		 285 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0450  RpiR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 272 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  25 
 
 		 310 aa  58.5  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  21.3 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  21.71 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  21.58 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 284 aa  57  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  20.97 
 
 		 311 aa  57  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2428  DNA-binding helix-turn-helix domain-containing transcriptional regulator protein  39.06 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.451037  normal  0.0398697 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  20.28 
 
 		 375 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  20.28 
 
 		 303 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  20.28 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  20.28 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1659  RpiR family transcriptional regulator  20.28 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153361  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  20.28 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0730  RpiR family transcriptional regulator  20.28 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  21.9 
 
 		 280 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  22.18 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  21.9 
 
 		 290 aa  54.7  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  24.25 
 
 		 287 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  22.22 
 
 		 277 aa  54.3  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  26.47 
 
 		 283 aa  53.9  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3603  transcriptional regulator, RpiR family  24.91 
 
 		 288 aa  53.5  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0193834  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  27.14 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3855  RpiR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 296 aa  53.1  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.673784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 284 aa  53.1  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  24.57 
 
 		 284 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  21.75 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  21.34 
 
 		 285 aa  50.4  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1331  RpiR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 314 aa  50.1  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  23.87 
 
 		 294 aa  49.7  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  20.76 
 
 		 287 aa  49.7  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  22.59 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  22.59 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 292 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3445  RpiR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149889  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4922  RpiR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 286 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00820717  normal  0.0573558 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.59 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.59 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.59 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  22.59 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 293 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5365  RpiR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 286 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00401037  normal  0.0909381 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4871  RpiR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 286 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211871  hitchhiker  0.00000205236 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>