More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2878 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2878  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 		 284 aa  582  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3566  extracellular solute-binding protein  84.5 
 
 		 312 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2877  extracellular solute-binding protein family 3  58.27 
 
 		 276 aa  317  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0445  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000216  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  27.96 
 
 		 272 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.909844  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0202  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.35 
 
 		 278 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.55601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2685  extracellular solute-binding protein family 3  31.74 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0288477 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3959  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 276 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  28.65 
 
 		 267 aa  72  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05952  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  27.24 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00417  prephrenate dehydratase  27.8 
 
 		 258 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5081  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5260  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2597  extracellular solute-binding protein family 3  28.74 
 
 		 270 aa  67.8  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00189611  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002034  cyclohexadienyl dehydratase  28 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3233  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.638648 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4214  cyclohexadienyl dehydratase  30.99 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4078  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 		 277 aa  65.1  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  27.22 
 
 		 271 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  29.89 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2103  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  40.4 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5243  extracellular solute-binding protein family 3  28.82 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.517304  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6259  extracellular solute-binding protein family 3  32.77 
 
 		 270 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000314466  normal  0.29457 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  26.74 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2287  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268829  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0012  extracellular solute-binding protein family 3  40.4 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0017  extracellular solute-binding protein family 3  40.4 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0230  extracellular solute-binding protein  42.53 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0477  extracellular solute-binding protein family 3  26.73 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.225572 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0792  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3746  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0211  extracellular solute-binding protein  41.38 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1255  hypothetical protein  31.18 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0214745 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0706  Prephenate dehydratase  28.74 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1534  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 253 aa  60.5  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.195786  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3673  extracellular solute-binding protein family 3  31.01 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0172  cyclohexadienyl dehydratase  29.44 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4037  cyclohexadienyl dehydratase  29.44 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3964  cyclohexadienyl dehydratase  29.44 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2694  extracellular solute-binding protein family 3  28.12 
 
 		 277 aa  59.3  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.86 
 
 		 267 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  32.14 
 
 		 267 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36200  putative binding protein component of ABC transporter  34.17 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134748 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2961  cyclohexadienyl dehydratase  28.93 
 
 		 261 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4388  extracellular solute-binding protein family 3  26.92 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  34.75 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  33.33 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1581  cyclohexadienyl dehydratase  28.93 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3463  extracellular solute-binding protein family 3  37.78 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.61 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4837  extracellular solute-binding protein family 3  31.25 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.630065  normal  0.0224847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2737  arogenate dehydratase  29.82 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47143  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.88 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  36.46 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3021  cyclohexadienyl dehydratase  28.93 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.329674  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2257  extracellular solute-binding protein  36.19 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.835326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3350  cyclohexadienyl dehydratase  28.93 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0124  extracellular solute-binding protein family 3  31.01 
 
 		 266 aa  57.4  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 271 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1489  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 268 aa  57  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.11 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  30.85 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  31.75 
 
 		 257 aa  57  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6211  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6380  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5951  extracellular solute-binding protein family 3  26.7 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0245803  normal  0.0107841 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6613  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0305717 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 276 aa  56.2  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 		 292 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3814  cyclohexadienyl dehydratase  29 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607683  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  27.94 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4767  Prephenate dehydratase  30.26 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.678819  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0392  putative transglycosylase  39.53 
 
 		 530 aa  56.2  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1385  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00529871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1344  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.752805 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.67 
 
 		 265 aa  55.8  0.0000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2601  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 265 aa  55.5  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.186233 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0717  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.67 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00506919  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  32.48 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5265  extracellular solute-binding protein family 3  39 
 
 		 261 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7091  extracellular solute-binding protein family 3  29.25 
 
 		 276 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.51636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  25.64 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1598  extracellular solute-binding protein  36.78 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3515  extracellular solute-binding protein family 3  28.35 
 
 		 275 aa  55.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.821579  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.69 
 
 		 503 aa  54.7  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 266 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 		 275 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1686  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.52 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175313  normal  0.373626 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4588  extracellular solute-binding protein  32.43 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0319028  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  33.05 
 
 		 268 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 266 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 		 271 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>