More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2445 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  634    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  45.72 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 322 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  23.91 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  26.26 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.5 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  25.86 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 323 aa  99.4  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 321 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 322 aa  99  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 323 aa  99  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.1 
 
 		 300 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 330 aa  98.2  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.51 
 
 		 316 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  23.59 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.39 
 
 		 314 aa  97.1  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.41 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 323 aa  96.3  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  26.28 
 
 		 327 aa  96.3  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 302 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 321 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  24.52 
 
 		 333 aa  94  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 310 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  23.45 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  26.94 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 314 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 323 aa  93.2  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 311 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  24.42 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 306 aa  92.4  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 302 aa  92.4  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 305 aa  92.4  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.17 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  23.38 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  23.1 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 298 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4515  LysR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.304584 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  26.2 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 327 aa  90.5  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  31.79 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 331 aa  90.1  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 295 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  22.87 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 307 aa  90.1  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  25.49 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 326 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>