More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003387 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  100 
 
 		 237 aa  480  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  89.03 
 
 		 239 aa  414  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  81.02 
 
 		 235 aa  355  1.9999999999999998e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  72.43 
 
 		 237 aa  322  4e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  54.13 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  54.13 
 
 		 240 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  55.5 
 
 		 239 aa  228  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  55.5 
 
 		 240 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 241 aa  224  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  51.8 
 
 		 238 aa  224  7e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  51.8 
 
 		 238 aa  224  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 234 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  54.85 
 
 		 240 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  54.59 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0841  transcriptional regulator, GntR family  53.43 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 232 aa  216  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0794  transcriptional regulator, GntR family  53.92 
 
 		 230 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  52.43 
 
 		 253 aa  214  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 220 aa  210  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0926  GntR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2823  GntR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.346929  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  53.3 
 
 		 220 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  51.66 
 
 		 214 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  50.23 
 
 		 220 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 234 aa  202  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 226 aa  201  7e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03369  Transcriptional regulator, GntR family protein  49.77 
 
 		 220 aa  201  9e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  52.79 
 
 		 222 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  48.46 
 
 		 222 aa  199  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  53.03 
 
 		 218 aa  199  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 262 aa  190  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  46.05 
 
 		 258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 255 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 255 aa  189  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 238 aa  187  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 262 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 262 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 241 aa  180  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 234 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  46.39 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0649  GntR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.875188  normal  0.130581 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 235 aa  122  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 230 aa  120  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  34.21 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 234 aa  119  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  36.54 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 232 aa  111  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 229 aa  108  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 240 aa  108  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 229 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  36.71 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  37.11 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 228 aa  106  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 222 aa  105  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 251 aa  105  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  37.63 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 		 221 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 239 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 216 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 226 aa  102  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 230 aa  102  6e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 224 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 227 aa  101  8e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 233 aa  101  9e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  35.03 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  34.52 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  37.11 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 222 aa  99.4  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  38.61 
 
 		 219 aa  99.4  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 218 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 217 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  34.57 
 
 		 216 aa  99  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 221 aa  98.6  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 223 aa  98.6  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  37.68 
 
 		 233 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 217 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 224 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 396 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  33.67 
 
 		 216 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 220 aa  96.3  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 		 223 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>