More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0413 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  100 
 
 		 294 aa  596  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  78.91 
 
 		 294 aa  491  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  80.95 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  66.55 
 
 		 298 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  65.19 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  59.38 
 
 		 299 aa  356  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  64.85 
 
 		 306 aa  355  3.9999999999999996e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  64.85 
 
 		 306 aa  353  1e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  61.22 
 
 		 303 aa  346  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  63.25 
 
 		 299 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  63.25 
 
 		 299 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  63.25 
 
 		 299 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  63.25 
 
 		 299 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  63.25 
 
 		 299 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  58.02 
 
 		 293 aa  334  7.999999999999999e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  59.18 
 
 		 303 aa  334  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  60.4 
 
 		 303 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  62.59 
 
 		 299 aa  333  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  59.72 
 
 		 299 aa  333  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  57 
 
 		 293 aa  332  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  59.72 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  59.72 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  59.72 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  57.68 
 
 		 293 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  57.68 
 
 		 293 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  59.72 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  57.68 
 
 		 293 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  59.72 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  58.7 
 
 		 293 aa  332  5e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  59.38 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0492  geranyltranstransferase  59.38 
 
 		 299 aa  331  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  59 
 
 		 303 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1079  geranyltranstransferase  61.43 
 
 		 306 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871553 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  57.79 
 
 		 293 aa  325  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  57 
 
 		 293 aa  322  4e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  55.03 
 
 		 293 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  59.79 
 
 		 293 aa  318  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  55.52 
 
 		 293 aa  315  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  55.03 
 
 		 293 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2239  geranyltranstransferase  59.04 
 
 		 296 aa  312  3.9999999999999997e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.200846 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  58.76 
 
 		 300 aa  304  9.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  57.34 
 
 		 293 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  57.34 
 
 		 293 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  57.34 
 
 		 293 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1320  polyprenyl synthetase  55.86 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  53.08 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  55.48 
 
 		 296 aa  291  1e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  52.43 
 
 		 306 aa  288  1e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  52.22 
 
 		 296 aa  281  7.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2570  polyprenyl synthetase  54.3 
 
 		 293 aa  280  2e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0334175  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  50 
 
 		 304 aa  280  2e-74  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  52.4 
 
 		 297 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  51.38 
 
 		 292 aa  262  4e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  50.33 
 
 		 306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  50.33 
 
 		 306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  51.03 
 
 		 295 aa  256  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  51.54 
 
 		 300 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  52.41 
 
 		 285 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01426  geranyltranstransferase  49.33 
 
 		 296 aa  252  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.631666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  51.7 
 
 		 295 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  52.03 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 291 aa  250  2e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  50.68 
 
 		 291 aa  249  3e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  51.02 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  52.04 
 
 		 295 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  47.22 
 
 		 293 aa  244  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  51.02 
 
 		 295 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  48.16 
 
 		 300 aa  243  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  52.38 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  50.34 
 
 		 295 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  50.69 
 
 		 302 aa  241  7.999999999999999e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  50.34 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  46.53 
 
 		 293 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  50.51 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 295 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  50.68 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  50.68 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 		 294 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  50.85 
 
 		 295 aa  238  9e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  47.42 
 
 		 294 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  46.92 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  50.51 
 
 		 293 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  46.92 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  46.92 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  46.92 
 
 		 294 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  46.34 
 
 		 297 aa  235  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  46.88 
 
 		 294 aa  235  8e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  49.83 
 
 		 307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  46.78 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  46.1 
 
 		 295 aa  229  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  47.5 
 
 		 294 aa  229  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  42.96 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  44.86 
 
 		 294 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  44.86 
 
 		 294 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  46.28 
 
 		 295 aa  228  8e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  44.86 
 
 		 294 aa  228  8e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  47.97 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  44.52 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  44.52 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  44.52 
 
 		 294 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>