More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0867 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0867  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 230 aa  453  1e-127  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.9 
 
 		 245 aa  224  8e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  44.95 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  45.87 
 
 		 239 aa  189  4e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1222  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related pseudouridylate synthase  39.3 
 
 		 245 aa  154  9e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000251934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  33.63 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  42.36 
 
 		 243 aa  149  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1312  pseudouridine synthase family 1 protein  40.97 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0766504  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  36.53 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  37.44 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.87 
 
 		 232 aa  144  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  34.7 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  37.17 
 
 		 240 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.08 
 
 		 237 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  36.61 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.56 
 
 		 233 aa  141  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  37.61 
 
 		 229 aa  141  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  35.43 
 
 		 231 aa  141  7e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  41.92 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.53 
 
 		 231 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  38.67 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  36.99 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  34.98 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  38.57 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.77 
 
 		 233 aa  138  7e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 230 aa  137  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  35.53 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  36.07 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  37.67 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  36.77 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  37.67 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  37.67 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1807  pseudouridine synthase  38.05 
 
 		 240 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  37.67 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.62 
 
 		 247 aa  135  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.77 
 
 		 229 aa  135  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 250 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  33.79 
 
 		 246 aa  135  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  33.63 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.79 
 
 		 235 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1494  pseudouridine synthase  35.87 
 
 		 232 aa  134  9e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1005  RNA-binding S4 domain protein  37.22 
 
 		 227 aa  134  9e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.0262199999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  36.32 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  32.89 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  34.55 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  36.32 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2545  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  36.65 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.79 
 
 		 235 aa  132  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.7 
 
 		 235 aa  133  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3042  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  30 
 
 		 233 aa  132  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.412823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0832  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  31.28 
 
 		 261 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.190821  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0860  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 245 aa  132  6e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  35.53 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.86 
 
 		 258 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.62 
 
 		 242 aa  131  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  35.56 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2588  pseudouridine synthase  35.09 
 
 		 245 aa  129  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  33.63 
 
 		 239 aa  129  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0778  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.132612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.48 
 
 		 239 aa  128  8.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  33.79 
 
 		 232 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2105  pseudouridine synthase  30.51 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00908459 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  37.44 
 
 		 298 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.23 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  34.38 
 
 		 251 aa  126  3e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  32.89 
 
 		 243 aa  126  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 271 aa  126  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0599  pseudouridine synthase  30.47 
 
 		 234 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  37.44 
 
 		 298 aa  125  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1442  pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.012114  normal  0.792542 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 242 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.21 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  34.53 
 
 		 238 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>