222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3069 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3069  hypothetical protein  100 
 
 		 206 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3083  protein of unknown function DUF179  55.74 
 
 		 192 aa  210  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0309575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3896  hypothetical protein  55.19 
 
 		 192 aa  196  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0436  hypothetical protein  51.35 
 
 		 190 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.972531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2327  hypothetical protein  49.19 
 
 		 191 aa  185  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0686759 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0226  hypothetical protein  47.4 
 
 		 197 aa  184  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0738315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0999  hypothetical protein  47.83 
 
 		 184 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0681  hypothetical protein  49.21 
 
 		 205 aa  181  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.686886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2659  hypothetical protein  47.28 
 
 		 184 aa  181  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.679405 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1069  hypothetical protein  50 
 
 		 201 aa  180  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.848418  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4348  hypothetical protein  49.21 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2743  hypothetical protein  49.19 
 
 		 193 aa  178  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2223  hypothetical protein  48.21 
 
 		 195 aa  178  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.440526  decreased coverage  0.00358368 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0675  hypothetical protein  48.65 
 
 		 190 aa  178  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0983  hypothetical protein  48.15 
 
 		 217 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1462  hypothetical protein  48.96 
 
 		 207 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0705  hypothetical protein  48.11 
 
 		 193 aa  176  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4502  hypothetical protein  48.68 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3962  hypothetical protein  47.34 
 
 		 193 aa  176  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000136745 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1255  protein of unknown function DUF179  45.96 
 
 		 206 aa  176  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1997  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.938009  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3170  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0916  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2746  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.770221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3112  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3148  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.199133  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1859  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  176  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2524  hypothetical protein  48.44 
 
 		 192 aa  175  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.811534  normal  0.166085 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0835  hypothetical protein  49.48 
 
 		 192 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186487  hitchhiker  0.000370502 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0382  hypothetical protein  49.48 
 
 		 192 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.653476  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0864  hypothetical protein  49.48 
 
 		 192 aa  174  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0718  hypothetical protein  46.03 
 
 		 205 aa  174  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6268  hypothetical protein  47.09 
 
 		 210 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.383786  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3962  hypothetical protein  48.96 
 
 		 192 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.554384 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3811  hypothetical protein  47.92 
 
 		 221 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0737  hypothetical protein  48.44 
 
 		 192 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0705  hypothetical protein  45.5 
 
 		 200 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0754  hypothetical protein  48.44 
 
 		 192 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173115  normal  0.270249 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0868  hypothetical protein  47.92 
 
 		 192 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0761346 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0532  hypothetical protein  47.34 
 
 		 201 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6966  hypothetical protein  46.03 
 
 		 216 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4491  hypothetical protein  46.45 
 
 		 199 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154644  normal  0.460951 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0567  hypothetical protein  46.49 
 
 		 190 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0619  hypothetical protein  46.49 
 
 		 190 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.976015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2673  hypothetical protein  46.45 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2596  hypothetical protein  44.97 
 
 		 202 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2819  protein of unknown function DUF179  44.97 
 
 		 202 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.160291  normal  0.227071 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3550  hypothetical protein  46.56 
 
 		 216 aa  168  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.749853  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2594  hypothetical protein  46.39 
 
 		 205 aa  168  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2752  hypothetical protein  47.09 
 
 		 221 aa  168  6e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0823934  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2910  protein of unknown function DUF179  46.99 
 
 		 186 aa  168  6e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2624  protein of unknown function DUF179  43.37 
 
 		 202 aa  167  8e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6933  protein of unknown function DUF179  46.03 
 
 		 210 aa  167  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3917  hypothetical protein  44.97 
 
 		 213 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0364734 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0788  hypothetical protein  46.03 
 
 		 213 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3059  hypothetical protein  46.15 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00598781  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0595  hypothetical protein  44.44 
 
 		 214 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0480  hypothetical protein  44.97 
 
 		 200 aa  160  9e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.213663  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0485  hypothetical protein  46.03 
 
 		 200 aa  159  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4617  protein of unknown function DUF179  42.49 
 
 		 199 aa  157  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2896  protein of unknown function DUF179  43.01 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0683  hypothetical protein  44.39 
 
 		 186 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3573  hypothetical protein  43.01 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.425942 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0938  hypothetical protein  44.09 
 
 		 192 aa  157  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.147168  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2579  hypothetical protein  41.62 
 
 		 185 aa  156  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0876832 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0264  protein of unknown function DUF179  44.44 
 
 		 214 aa  156  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0349  hypothetical protein  42.16 
 
 		 191 aa  155  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.242257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0753  hypothetical protein  43.01 
 
 		 202 aa  155  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0659  hypothetical protein  42.47 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.115513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2099  hypothetical protein  41.67 
 
 		 189 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.772524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0019  hypothetical protein  39.71 
 
 		 200 aa  153  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1517  hypothetical protein  44.9 
 
 		 200 aa  152  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03574  hypothetical protein  41.15 
 
 		 189 aa  151  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1574  hypothetical protein  42.16 
 
 		 184 aa  151  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0297031  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0539  hypothetical protein  41.53 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0907  hypothetical protein  41.06 
 
 		 213 aa  150  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.572934  normal  0.591231 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0243  hypothetical protein  44.44 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.763394  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1578  hypothetical protein  40.93 
 
 		 199 aa  148  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.663829 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0165  hypothetical protein  43.41 
 
 		 214 aa  148  6e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.197287 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1142  hypothetical protein  42.41 
 
 		 195 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.873097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0617  hypothetical protein  42.25 
 
 		 201 aa  145  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559963  normal  0.877455 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1356  protein of unknown function DUF179  40 
 
 		 216 aa  145  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4995  hypothetical protein  43.48 
 
 		 189 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4869  hypothetical protein  43.48 
 
 		 189 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0147719 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5045  hypothetical protein  43.48 
 
 		 189 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2478  hypothetical protein  41.71 
 
 		 186 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3637  argininosuccinate lyase  40.21 
 
 		 203 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.755097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0469  hypothetical protein  44.09 
 
 		 189 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1132  hypothetical protein  36.76 
 
 		 190 aa  141  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.214662  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03293  Transcription regulator  40 
 
 		 208 aa  141  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.856515  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3346  hypothetical protein  40.64 
 
 		 187 aa  141  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1199  hypothetical protein  40.64 
 
 		 187 aa  139  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000139258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1270  hypothetical protein  40.64 
 
 		 187 aa  139  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000905389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1200  hypothetical protein  40.64 
 
 		 187 aa  139  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0314769  normal  0.527879 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0547  hypothetical protein  37.7 
 
 		 187 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2895  protein of unknown function DUF179  44.97 
 
 		 194 aa  139  3.9999999999999997e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0104323  normal  0.0123149 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2406  protein of unknown function DUF179  40 
 
 		 192 aa  138  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.802635  normal  0.951535 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2669  protein of unknown function DUF179  41.08 
 
 		 185 aa  137  7.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.670234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0058  hypothetical protein  38.25 
 
 		 185 aa  137  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3062  hypothetical protein  41.08 
 
 		 185 aa  137  7.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>