More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1273 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1273  ABC transporter related  100 
 
 		 263 aa  535  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.459215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2164  ABC transporter related  86.31 
 
 		 263 aa  464  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1521  putative high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  84.05 
 
 		 260 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.240271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2924  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  82.75 
 
 		 260 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.454233  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1569  ABC transporter related  82.75 
 
 		 260 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.51859  normal  0.809659 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0925  ABC transporter related  82.35 
 
 		 260 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0463719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3931  ABC transporter related  83.53 
 
 		 301 aa  415  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1422  ABC transporter related  61.57 
 
 		 272 aa  334  9e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0599  ABC transporter related  61.45 
 
 		 279 aa  315  5e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1039  ABC transporter related  50.2 
 
 		 270 aa  255  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.418168 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2096  ABC transporter related  53.63 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.185907  normal  0.0132496 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1981  putative branched-chain amino acid transport ATP-binding protein  49.8 
 
 		 257 aa  249  5e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.547444 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3704  ABC transporter-like  46.99 
 
 		 260 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2774  ABC transporter-like protein protein  48.19 
 
 		 261 aa  239  2.9999999999999997e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0505  ABC transporter related  45.67 
 
 		 265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1146  ABC transporter related  45.16 
 
 		 262 aa  227  1e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2707  ABC transporter related  44.98 
 
 		 258 aa  226  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3409  ABC transporter related  44.98 
 
 		 258 aa  226  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3088  ABC transporter related protein  49.6 
 
 		 297 aa  225  4e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1738  ABC transporter related protein  48.4 
 
 		 277 aa  224  1e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2186  ABC transporter related protein  44.58 
 
 		 250 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3968  ABC transporter related protein  44.22 
 
 		 263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1545  ABC transporter related  45.12 
 
 		 252 aa  215  7e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2041  ABC transporter related  44.18 
 
 		 250 aa  214  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000871582 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1893  ATPase  43.25 
 
 		 258 aa  214  1.9999999999999998e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0578772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3961  ABC transporter related  44.35 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.721772  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3689  ABC transporter-related protein  44 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4884  ABC transporter related  45.38 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3842  ABC transporter related  43.9 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0659  ABC transporter related protein  45.78 
 
 		 266 aa  207  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1653  ABC transporter related  42.8 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6115  putative branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  43.9 
 
 		 247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.746507  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1093  ABC transporter related  42.91 
 
 		 555 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.403079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1851  ABC transporter related  41.73 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28249  normal  0.201191 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1488  ABC transporter related protein  38.15 
 
 		 259 aa  194  1e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2916  ABC transporter related  42.57 
 
 		 236 aa  193  2e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3414  ABC transporter component  41.94 
 
 		 255 aa  192  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1184  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  39.3 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00283179  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1229  ABC transporter related  42.13 
 
 		 367 aa  192  5e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000210796 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  41.11 
 
 		 264 aa  192  6e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  42.68 
 
 		 603 aa  191  9e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0598  ABC transporter related  39.37 
 
 		 253 aa  191  1e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1864  ABC transporter related  40.16 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3205  ABC transporter related protein  42.29 
 
 		 351 aa  189  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.931836  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1820  ABC transporter-related protein  39.84 
 
 		 250 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1674  ABC transporter related  39.76 
 
 		 251 aa  188  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4896  ABC transporter related protein  41.77 
 
 		 265 aa  188  7e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.408295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1156  ABC transporter related  41.34 
 
 		 349 aa  187  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.113513  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2127  ABC transporter related  40.56 
 
 		 250 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  40.32 
 
 		 265 aa  186  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3015  ABC transporter related  42.4 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0857  ABC transporter related  40.16 
 
 		 257 aa  185  6e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0909  ABC transporter related  41.37 
 
 		 241 aa  185  6e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2890  ABC transporter related protein  40.87 
 
 		 353 aa  185  8e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1114  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  39.02 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0106  ABC transporter related protein  39.76 
 
 		 302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.732505  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5973  ABC transporter related  38.8 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2932  ABC transporter related  39.17 
 
 		 263 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1049  ABC transporter related  38.52 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2282  ABC transporter related  41.3 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  41.83 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3457  ABC transporter related  37.25 
 
 		 254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.257726  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1877  ABC transporter-related protein  39.37 
 
 		 260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.271075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  39.84 
 
 		 259 aa  179  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1731  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  40.64 
 
 		 250 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.385774  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3205  ABC transporter related  38.43 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0588  ABC transporter related protein  39.42 
 
 		 255 aa  178  7e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1579  ABC transporter related  41.27 
 
 		 261 aa  178  8e-44  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0133933  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2502  ABC transporter related protein  38.62 
 
 		 254 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  38.15 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0262  ABC transporter related  38.8 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1290  ABC transporter related  39.11 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4072  ABC transporter related  37.35 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2710  ABC transporter related  38.96 
 
 		 260 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.868345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2103  ABC transporter related  38.71 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0226  ABC transporter related  39.68 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.733524  normal  0.0444601 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3362  ABC transporter related  38.96 
 
 		 260 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.557965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2268  ABC transporter related  39.2 
 
 		 262 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.434627  decreased coverage  0.00162775 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0593  ABC transporter related  38.98 
 
 		 255 aa  176  3e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.137046  hitchhiker  0.0000276007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0365  ABC transporter related  38.96 
 
 		 253 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000174953  unclonable  0.0000000581692 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3102  ABC transporter related protein  37.75 
 
 		 256 aa  176  4e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1034  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.21 
 
 		 256 aa  176  4e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.634603  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0773  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  38.21 
 
 		 256 aa  175  5e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.69143  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1159  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  37.8 
 
 		 256 aa  175  7e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.394443  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0761  ABC transporter-related protein  38.8 
 
 		 258 aa  175  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105936 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  37.75 
 
 		 254 aa  174  9e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1481  ABC transporter related  40.24 
 
 		 259 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1048  ABC transporter related  38.55 
 
 		 549 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3424  ABC transporter related  38.4 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0478  ABC transporter related protein  35.74 
 
 		 255 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000000496209  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0261  ATPase  38.8 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0890  ABC transporter related  37.36 
 
 		 262 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4552  ABC transporter related  38.15 
 
 		 260 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4998  ABC transporter related  39.27 
 
 		 250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101708  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1974  ABC transporter related protein  38.55 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0931609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3170  ABC transporter related  39.2 
 
 		 256 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0799  ABC transporter related  37.05 
 
 		 258 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.595603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  37.45 
 
 		 255 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  36.55 
 
 		 257 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1827  ABC transporter related  40.73 
 
 		 242 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.017401  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>