More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4552 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4552  ABC transporter related  100 
 
 
260 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0677  ABC transporter related  84.62 
 
 
260 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.888321  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0890  ABC transporter related  66.15 
 
 
262 aa  340  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4794  ABC transporter related  62.4 
 
 
259 aa  297  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.130359  normal  0.133792 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0365  ABC transporter related  53.97 
 
 
253 aa  273  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000174953  unclonable  0.0000000581692 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1518  ABC transporter related  56.8 
 
 
253 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.121559  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2041  ABC transporter related  52.4 
 
 
250 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000871582 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2186  ABC transporter related protein  51.2 
 
 
250 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0588  ABC transporter related protein  50.8 
 
 
255 aa  252  3e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1674  ABC transporter related  52.42 
 
 
251 aa  249  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1820  ABC transporter-related protein  51.21 
 
 
250 aa  248  6e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1860  ABC transporter related  48.26 
 
 
259 aa  247  1e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.180905  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1208  ABC transporter related  48.62 
 
 
270 aa  244  6.999999999999999e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0321335  normal  0.470514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1864  ABC transporter related  48.79 
 
 
251 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1481  ABC transporter related  50 
 
 
259 aa  242  5e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2270  ABC transporter related  46.67 
 
 
257 aa  241  9e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.881925 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  48.59 
 
 
259 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0407  ABC transporter-like protein  51.19 
 
 
273 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1945  ABC transporter related protein  46.27 
 
 
257 aa  238  9e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3533  ABC transporter related  49.4 
 
 
252 aa  237  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.594682  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1731  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50 
 
 
250 aa  237  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.385774  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.19 
 
 
255 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2423  ABC transporter related  44.84 
 
 
269 aa  236  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4072  ABC transporter related  49.6 
 
 
261 aa  236  3e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2864  ABC transporter-related protein  46.77 
 
 
258 aa  235  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.150555  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2959  leucine/isoleucine/valine transport system ATP- binding protein  47.39 
 
 
271 aa  235  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.79 
 
 
257 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2726  ABC transporter related  46.37 
 
 
258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5999  ABC transporter related protein  50 
 
 
255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.357239  normal  0.0205889 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2127  ABC transporter related  47.2 
 
 
250 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  47.84 
 
 
265 aa  233  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.98 
 
 
255 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.59 
 
 
251 aa  232  4.0000000000000004e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.4 
 
 
255 aa  232  5e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.58 
 
 
255 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1579  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.42 
 
 
254 aa  231  7.000000000000001e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.58 
 
 
255 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2932  ABC transporter related  43.6 
 
 
263 aa  231  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.58 
 
 
255 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.39 
 
 
261 aa  231  9e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  47.84 
 
 
264 aa  230  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.58 
 
 
255 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  44.18 
 
 
255 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1125  putative ABC transporter ATP-binding protein  46.18 
 
 
258 aa  230  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334087  normal  0.177035 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.39 
 
 
255 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2653  ABC transporter-like protein  47.77 
 
 
268 aa  230  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000291563  hitchhiker  0.00412304 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.99 
 
 
257 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0799  ABC transporter related  45.34 
 
 
258 aa  229  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.595603 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  46.22 
 
 
254 aa  229  3e-59  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2520  ABC transporter related  45.34 
 
 
258 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1884  ABC transporter related  45.34 
 
 
258 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2495  ABC transporter related  45.34 
 
 
258 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  229  5e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.99 
 
 
257 aa  229  5e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1145  leucine/isoleucine/valine transport system ATP-binding protein  45.75 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00253052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0265  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.75 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.0000000223083  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0991  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.75 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0217881  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0787  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.34 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0942  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.75 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00114272  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0985  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.75 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000122559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0883  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.75 
 
 
257 aa  228  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130344  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.99 
 
 
257 aa  228  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5827  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  44.53 
 
 
258 aa  227  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.467339  normal  0.146478 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0671  ABC transporter related  47.18 
 
 
252 aa  228  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  227  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2495  ABC transporter related protein  49.39 
 
 
271 aa  227  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.503368  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1128  ABC transporter related  45.6 
 
 
256 aa  227  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.79034  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3819  ABC transporter related  43.75 
 
 
262 aa  226  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0171499  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0638  ABC transporter related protein  46.48 
 
 
260 aa  226  2e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0293111  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.59 
 
 
255 aa  226  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2413  ABC transporter related  44.53 
 
 
258 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0344655 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.59 
 
 
257 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.59 
 
 
257 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2542  ABC transporter related  44.53 
 
 
258 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.812662  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6114  ABC transporter related  44.53 
 
 
257 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.59 
 
 
257 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0622  ABC transporter related  44.14 
 
 
269 aa  226  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.105631  normal  0.0623344 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0247  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.39 
 
 
255 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3971  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.39 
 
 
255 aa  225  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.61537  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1425  ABC transporter related  45.2 
 
 
253 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.715565  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  44.57 
 
 
261 aa  226  4e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  45.78 
 
 
255 aa  225  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2551  ABC transporter-related protein  47.18 
 
 
256 aa  225  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.18 
 
 
256 aa  225  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3170  ABC transporter related  44.84 
 
 
256 aa  225  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.181916  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2710  ABC transporter related  44.62 
 
 
260 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.868345  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3362  ABC transporter related  44.62 
 
 
260 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.557965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>