192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0949 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 379 aa  757    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  44.84 
 
 		 376 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  44.84 
 
 		 376 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  44.84 
 
 		 376 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  43.75 
 
 		 382 aa  286  5.999999999999999e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  42.32 
 
 		 380 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  41.4 
 
 		 371 aa  260  3e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  27.38 
 
 		 396 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  27.62 
 
 		 388 aa  140  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  32.29 
 
 		 405 aa  137  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  29.29 
 
 		 388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  29.02 
 
 		 389 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  30.8 
 
 		 388 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  29.29 
 
 		 388 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  29.24 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  27.84 
 
 		 389 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  27.84 
 
 		 389 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  26.4 
 
 		 398 aa  122  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  28.03 
 
 		 388 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  29.54 
 
 		 388 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  28.03 
 
 		 388 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  26.72 
 
 		 386 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  27.97 
 
 		 389 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  27.54 
 
 		 390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  23.6 
 
 		 396 aa  114  3e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  29.46 
 
 		 386 aa  112  9e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  27.05 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  28.32 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  25.57 
 
 		 416 aa  93.2  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  23.85 
 
 		 399 aa  83.6  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  25.82 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  20.69 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  24.49 
 
 		 423 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  21.07 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  20.63 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  28.64 
 
 		 443 aa  77  0.0000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  26.91 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  24.29 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  26.86 
 
 		 368 aa  67.4  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  27 
 
 		 371 aa  66.6  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  25.99 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  26.59 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  27.61 
 
 		 366 aa  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  24.72 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  26.67 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  30.25 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  30.25 
 
 		 370 aa  63.5  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  30.66 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  29.63 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  26.06 
 
 		 392 aa  63.2  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  23.67 
 
 		 399 aa  62  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  24.53 
 
 		 366 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  21.64 
 
 		 391 aa  62.4  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  22.75 
 
 		 380 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  30.04 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  25.36 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  27.84 
 
 		 370 aa  59.7  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0148  permease YjgP/YjgQ family protein  23.62 
 
 		 364 aa  59.3  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.496142  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  30.25 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  22.27 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  27.31 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  25.36 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1695  permease YjgP/YjgQ family protein  28.37 
 
 		 361 aa  57  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  21.36 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  29.93 
 
 		 370 aa  56.2  0.0000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  23.91 
 
 		 481 aa  56.2  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  23.9 
 
 		 372 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  28.8 
 
 		 370 aa  55.5  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  26.24 
 
 		 495 aa  55.8  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  21.89 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0824  permease YjgP/YjgQ family protein  22.83 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00713526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2734  permease YjgP/YjgQ family protein  19.78 
 
 		 364 aa  54.7  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.121109  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0389  hypothetical protein  25.37 
 
 		 360 aa  54.3  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.534497 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  22.98 
 
 		 442 aa  54.3  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  23.9 
 
 		 372 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  26.67 
 
 		 371 aa  54.3  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2596  permease YjgP/YjgQ family protein  27.23 
 
 		 364 aa  54.7  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0445451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2728  permease YjgP/YjgQ family protein  25.53 
 
 		 369 aa  53.9  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.437446  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2406  permease YjgP/YjgQ  23.68 
 
 		 381 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0876436  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2589  permease YjgP/YjgQ family protein  23.64 
 
 		 379 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00221006  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  24.51 
 
 		 402 aa  53.9  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  25.27 
 
 		 370 aa  53.9  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  23.5 
 
 		 442 aa  53.9  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 402 aa  53.9  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0409  permease YjgP/YjgQ family protein  27.15 
 
 		 360 aa  53.1  0.000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  26.64 
 
 		 367 aa  53.1  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  27.11 
 
 		 371 aa  53.1  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  24.08 
 
 		 382 aa  53.1  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  24.65 
 
 		 376 aa  53.1  0.000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  20.48 
 
 		 418 aa  52.4  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  27.34 
 
 		 386 aa  52.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  27.04 
 
 		 358 aa  52.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1901  permease YjgP/YjgQ family protein  23.3 
 
 		 441 aa  52.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  22.27 
 
 		 478 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  25.7 
 
 		 372 aa  52.4  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0593  permease-like protein  22.27 
 
 		 386 aa  51.6  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.472296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  27.72 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  24.54 
 
 		 370 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>