More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3887 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3887  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  450  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000207134 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3945  LuxR family transcriptional regulator  81 
 
 		 221 aa  371  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00801334  normal  0.811932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3194  LuxR family transcriptional regulator  73.18 
 
 		 220 aa  337  9e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0232917  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0720  LuxR family transcriptional regulator  73.76 
 
 		 221 aa  336  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0333677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3414  LuxR family transcriptional regulator  73.76 
 
 		 221 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.295313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  75.45 
 
 		 222 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  72.73 
 
 		 222 aa  334  5e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0864  LuxR family transcriptional regulator  73.09 
 
 		 255 aa  334  7e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0875  LuxR family transcriptional regulator  71.95 
 
 		 221 aa  332  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  71.04 
 
 		 221 aa  331  5e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0840  response regulator receiver protein  71.49 
 
 		 221 aa  331  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3500  response regulator receiver protein  70.59 
 
 		 249 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  72.85 
 
 		 221 aa  328  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3137  response regulator receiver protein  72.25 
 
 		 209 aa  316  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  68.78 
 
 		 221 aa  315  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 224 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  62.9 
 
 		 221 aa  288  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  40 
 
 		 159 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0287  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 224 aa  86.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1053  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 232 aa  81.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3306  LuxR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  33.62 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001275  transcriptional regulator VpsT  31.58 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001276  transcriptional regulator VpsT  33.62 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  33.05 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05153  hypothetical protein  33.62 
 
 		 218 aa  72  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2858  probable CsgAB operon transcriptional regulatory protein  30.25 
 
 		 215 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.256874  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.45 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0602  nitrate/nitrite response regulator  33.09 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.790372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.39 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2814  LuxR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0287  LuxR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 92 aa  67  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.998369  normal  0.706802 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2406  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 92 aa  66.6  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0782  two component LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.75 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2620  response regulator receiver protein  29.44 
 
 		 239 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.649971  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002362  DNA-binding HTH domain-containing protein  29.69 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0501055  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.4 
 
 		 221 aa  65.5  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  31.58 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  25.51 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  31.9 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01701  LuxR family regulatory protein  48.57 
 
 		 90 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1520  LuxR transcriptional regulator  48.57 
 
 		 91 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  31.9 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01821  LuxR family regulatory protein  48.57 
 
 		 92 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26831  LuxR transcriptional regulator  48.57 
 
 		 92 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  32.23 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.49613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0618  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 196 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2472  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.23 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0113125  hitchhiker  0.00367669 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2518  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.4 
 
 		 225 aa  63.5  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 217 aa  63.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02261  LuxR family regulatory protein  48.57 
 
 		 90 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0250136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  31.9 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0156  LuxR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.749313  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8800  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.752334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4577  response regulator receiver protein  29.55 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172592 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.9 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4163  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296115  normal  0.698078 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4688  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 		 252 aa  62.8  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03706  hypothetical protein  27.13 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1006  two component LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3672  transcriptional regulator, LuxR family  54.24 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3502  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 228 aa  62.4  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0956  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.12 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 216 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2601  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.15 
 
 		 234 aa  62  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.1212  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.6 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  31.9 
 
 		 223 aa  62.4  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01711  LuxR family regulatory protein  47.14 
 
 		 92 aa  62  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01731  LuxR family regulatory protein  47.14 
 
 		 92 aa  62  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3185  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.704721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.5 
 
 		 216 aa  61.6  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0608  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.2 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_374  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.51 
 
 		 232 aa  61.6  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000120759  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2449  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 		 220 aa  61.6  0.000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  31.03 
 
 		 190 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7105  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.16 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  0.469545 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0293  transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 100 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0499337  normal  0.0433315 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  33.62 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  29.73 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0409  two component LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>