58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5224 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  100 
 
 		 763 aa  1570    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  81.43 
 
 		 768 aa  1273    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  50.84 
 
 		 776 aa  794    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  48.61 
 
 		 798 aa  585  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  29.75 
 
 		 665 aa  266  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.75 
 
 		 702 aa  259  9e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  33.41 
 
 		 723 aa  251  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.08 
 
 		 708 aa  246  8e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.03 
 
 		 708 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  28.1 
 
 		 611 aa  244  6e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.75 
 
 		 708 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  28.05 
 
 		 707 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.75 
 
 		 708 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  27.85 
 
 		 708 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  32.9 
 
 		 760 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  31.18 
 
 		 743 aa  238  4e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  31.01 
 
 		 840 aa  233  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  30.26 
 
 		 692 aa  231  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  30.47 
 
 		 681 aa  231  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  27.02 
 
 		 657 aa  218  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  28.82 
 
 		 667 aa  191  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.56 
 
 		 629 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  30.28 
 
 		 578 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  28.76 
 
 		 509 aa  160  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  28.93 
 
 		 616 aa  158  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  26.16 
 
 		 672 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.92 
 
 		 571 aa  151  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  27.7 
 
 		 562 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.94 
 
 		 604 aa  136  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  26.4 
 
 		 565 aa  130  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.27 
 
 		 602 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6203  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.44 
 
 		 675 aa  110  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  24.3 
 
 		 784 aa  97.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  24.38 
 
 		 573 aa  73.9  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.31 
 
 		 602 aa  66.6  0.000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  24.39 
 
 		 651 aa  61.6  0.00000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  25.06 
 
 		 548 aa  61.6  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  27.34 
 
 		 699 aa  61.2  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  26.62 
 
 		 695 aa  60.5  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  25.87 
 
 		 699 aa  58.9  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  25.9 
 
 		 678 aa  58.5  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0062  TraD protein, putative  35.37 
 
 		 110 aa  57.4  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  23.22 
 
 		 569 aa  54.7  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  25.34 
 
 		 569 aa  54.3  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  25.21 
 
 		 663 aa  54.7  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1502  TRAG family protein  23.16 
 
 		 610 aa  52.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.343787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  24.6 
 
 		 668 aa  51.6  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  23.72 
 
 		 661 aa  50.4  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  24.6 
 
 		 667 aa  49.7  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  0.00000244512 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  24.6 
 
 		 670 aa  50.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0349  protein of unknown function DUF87  37.68 
 
 		 540 aa  48.9  0.0004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1621  hypothetical protein  19.71 
 
 		 502 aa  47  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3620  TRAG family protein  21.56 
 
 		 896 aa  45.4  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0601306  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3760  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  22.85 
 
 		 658 aa  45.4  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.195316  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0066  type IV conjugative transfer system protein TraD  30 
 
 		 621 aa  45.4  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  26.51 
 
 		 714 aa  44.7  0.006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  26.51 
 
 		 723 aa  44.7  0.006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  25.3 
 
 		 648 aa  44.3  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>