More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1954 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1954  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  498  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2735  two component transcriptional regulator  69.87 
 
 		 228 aa  327  9e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2612  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.58 
 
 		 228 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0412974  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05454  two component response regulator transcription regulator protein  66.95 
 
 		 256 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.169333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3050  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 		 245 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.545982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5049  two component transcriptional regulator  65.5 
 
 		 259 aa  297  1e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839238  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4368  two component transcriptional regulator  65.5 
 
 		 245 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5811  two component transcriptional regulator  65.5 
 
 		 245 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.244111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4353  two component transcriptional regulator  61.98 
 
 		 245 aa  292  3e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2929  two component transcriptional regulator  66.52 
 
 		 250 aa  289  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.449606  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2774  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.07 
 
 		 245 aa  288  7e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  63.64 
 
 		 262 aa  285  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4473  two component transcriptional regulator  61.14 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3893  two component transcriptional regulator  61.14 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3634  two component transcriptional regulator  61.14 
 
 		 230 aa  278  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.966844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5742  two component transcriptional regulator  62.01 
 
 		 342 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0760421  hitchhiker  0.00137021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2118  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.7 
 
 		 238 aa  275  4e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3972  two component transcriptional regulator  58.75 
 
 		 242 aa  275  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1014  two component transcriptional regulator  59.31 
 
 		 244 aa  275  6e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1792  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.84 
 
 		 249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6822  two component transcriptional regulator  56.64 
 
 		 229 aa  259  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4359  two component transcriptional regulator  56.64 
 
 		 229 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0123  two component transcriptional regulator  53.39 
 
 		 241 aa  242  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.11 
 
 		 222 aa  234  9e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.82 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1497  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 263 aa  226  4e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4321  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 248 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3225  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.34 
 
 		 231 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04836  two-component system regulatory protein  49.34 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3133  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 		 231 aa  201  8e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3084  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.32 
 
 		 229 aa  198  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.692731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6779  two component transcriptional regulator  46.55 
 
 		 229 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.652587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2692  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2273  two component transcriptional regulator  65.79 
 
 		 154 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.59177 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  43.23 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  41.48 
 
 		 227 aa  179  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  41.05 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 227 aa  166  4e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2845  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.2 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.1 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 227 aa  163  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.16 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.72 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2358  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 231 aa  158  9e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0136772  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 237 aa  158  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  43.35 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0783  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 227 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.92 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 236 aa  155  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  39.04 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0117  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  153  2e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000111014  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  39 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 236 aa  152  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  40.77 
 
 		 227 aa  152  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  36.77 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  42.55 
 
 		 236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 231 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  37.45 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  37.45 
 
 		 231 aa  150  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.87 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.91 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4929  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  36.55 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  37.45 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1735  DNA-binding response regulator  37.39 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  34.22 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1102  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 225 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  38.96 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  37.02 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  37.02 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  37.02 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  37.02 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 232 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 230 aa  149  5e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  39.39 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  36.32 
 
 		 231 aa  148  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2693  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 226 aa  148  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.575064 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  36.32 
 
 		 231 aa  148  7e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0475  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 234 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  35.87 
 
 		 254 aa  148  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  39.06 
 
 		 229 aa  148  8e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2306  two component transcriptional regulator  37.79 
 
 		 225 aa  148  8e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  35.87 
 
 		 225 aa  148  8e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0489  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 234 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.210896  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0771  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 244 aa  148  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0351  DNA-binding response regulator  39.13 
 
 		 230 aa  148  9e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1846  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.17 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  42.29 
 
 		 228 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>