More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_3972 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3972  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  73.71 
 
 		 262 aa  336  1.9999999999999998e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_003296  RS05454  two component response regulator transcription regulator protein  73.01 
 
 		 256 aa  327  9e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.169333 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2774  two component transcriptional regulator, winged helix family  71.81 
 
 		 245 aa  318  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1014  two component transcriptional regulator  63.4 
 
 		 244 aa  312  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3050  two component transcriptional regulator  67.09 
 
 		 245 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.545982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4353  two component transcriptional regulator  65.43 
 
 		 245 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5049  two component transcriptional regulator  68.26 
 
 		 259 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839238  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4368  two component transcriptional regulator  68.26 
 
 		 245 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5811  two component transcriptional regulator  68.26 
 
 		 245 aa  310  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.244111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5742  two component transcriptional regulator  67.54 
 
 		 342 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0760421  hitchhiker  0.00137021 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2929  two component transcriptional regulator  67.69 
 
 		 250 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.449606  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2118  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.32 
 
 		 238 aa  297  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1792  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.47 
 
 		 249 aa  278  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2735  two component transcriptional regulator  61.06 
 
 		 228 aa  264  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1497  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 		 263 aa  264  8.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2612  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.38 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0412974  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1954  two component transcriptional regulator  58.75 
 
 		 253 aa  251  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3634  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.966844 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4473  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3893  two component transcriptional regulator  54.35 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0123  two component transcriptional regulator  53.91 
 
 		 241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6822  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 229 aa  234  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4359  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 229 aa  231  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4321  two component transcriptional regulator  50.83 
 
 		 248 aa  225  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.1 
 
 		 222 aa  226  4e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.87 
 
 		 234 aa  223  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04836  two-component system regulatory protein  52.4 
 
 		 229 aa  214  7e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3133  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 231 aa  212  3.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3084  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.48 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.692731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 		 227 aa  207  2e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3225  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 231 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2692  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.83 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  44.02 
 
 		 227 aa  183  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 231 aa  181  6e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 230 aa  181  8.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3691  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.85 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 231 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  43.17 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6779  two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 229 aa  175  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.652587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  42.42 
 
 		 229 aa  175  7e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  43.48 
 
 		 231 aa  175  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  40.95 
 
 		 227 aa  174  8e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2625  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.21 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  44.2 
 
 		 227 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.19 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.42 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1104  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 233 aa  170  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 		 225 aa  169  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 231 aa  168  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  42.79 
 
 		 224 aa  168  7e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  40.69 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  40.87 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 		 230 aa  167  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 234 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.16 
 
 		 235 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3429  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0608192  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2145  DNA-binding response regulator  40.17 
 
 		 232 aa  166  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 230 aa  165  5e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 238 aa  165  5.9999999999999996e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.09 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 222 aa  164  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.57 
 
 		 233 aa  164  9e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.79 
 
 		 239 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.58 
 
 		 239 aa  164  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.58 
 
 		 239 aa  164  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  41.48 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.24 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2358  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 		 231 aa  162  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0136772  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2845  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.04 
 
 		 234 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2385  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.534853  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2341  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000166477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2561  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.630654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2574  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000040017 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.38 
 
 		 236 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  39.47 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.78 
 
 		 227 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2617  DNA-binding response regulator  40.35 
 
 		 231 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.993672  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.7 
 
 		 227 aa  161  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 227 aa  161  9e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2302  DNA-binding response regulator  39.47 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  41.78 
 
 		 236 aa  161  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 238 aa  160  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  40.87 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  40.5 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1775  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  39.74 
 
 		 240 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>