More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2692 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2692  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 229 aa  459  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04836  two-component system regulatory protein  64.35 
 
 		 229 aa  301  6.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3084  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  65.5 
 
 		 229 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.692731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3133  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.63 
 
 		 231 aa  300  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3225  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.5 
 
 		 231 aa  298  4e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2612  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 228 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0412974  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 222 aa  215  5e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 234 aa  214  9e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2929  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 		 250 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.449606  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  49.56 
 
 		 262 aa  206  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4353  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3050  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 245 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.545982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0123  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 241 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05454  two component response regulator transcription regulator protein  45.85 
 
 		 256 aa  198  6e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.169333 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1792  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.56 
 
 		 249 aa  197  9e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5049  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 259 aa  197  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839238  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3972  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 242 aa  197  9e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4368  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5811  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.244111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1014  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 244 aa  195  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2735  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 228 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3634  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.966844 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4473  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3893  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2774  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 227 aa  190  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5742  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 342 aa  189  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0760421  hitchhiker  0.00137021 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4359  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6822  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1497  two component transcriptional regulator  42.67 
 
 		 263 aa  181  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2118  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 238 aa  180  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4321  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 248 aa  179  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.6 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.22 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 234 aa  176  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1954  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 253 aa  174  9e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.35 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  41.13 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  41.15 
 
 		 227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 237 aa  169  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  43.56 
 
 		 226 aa  169  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 321 aa  169  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 227 aa  169  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  43.56 
 
 		 226 aa  169  5e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 231 aa  166  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.87 
 
 		 234 aa  166  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0276045  hitchhiker  9.727110000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.61 
 
 		 237 aa  165  5e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.74 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.06 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 227 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 231 aa  163  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 		 229 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1485  response regulator receiver  39.91 
 
 		 235 aa  162  3e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.236897  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.72 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  41.05 
 
 		 236 aa  162  6e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 231 aa  162  6e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  38.86 
 
 		 230 aa  161  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1055  DNA-binding response regulator SrrA  40.52 
 
 		 241 aa  161  8.000000000000001e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.05 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  36.12 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 232 aa  161  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  37.33 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 232 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1580  response regulator receiver  38.79 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 234 aa  159  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 234 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1549  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.74 
 
 		 240 aa  158  5e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 247 aa  158  8e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 226 aa  158  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 221 aa  157  9e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  38.36 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.63 
 
 		 233 aa  157  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.79 
 
 		 229 aa  156  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  39.74 
 
 		 239 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 239 aa  156  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 229 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0353  two component transcriptional regulator  39.74 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.683455 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 238 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 229 aa  156  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 		 229 aa  155  3e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2358  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0136772  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  35.68 
 
 		 227 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 232 aa  155  5.0000000000000005e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  39.32 
 
 		 239 aa  155  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>