More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3084 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3084  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  100 
 
 
229 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.692731  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04836  two-component system regulatory protein  69.87 
 
 
229 aa  335  5e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2692  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.5 
 
 
229 aa  300  1e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3133  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.76 
 
 
231 aa  298  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3225  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.57 
 
 
231 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2929  two component transcriptional regulator  52 
 
 
250 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.449606  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2612  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0412974  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 
234 aa  210  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0123  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 
241 aa  209  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 
222 aa  209  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3972  two component transcriptional regulator  48.48 
 
 
242 aa  207  9e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2735  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 
228 aa  204  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1792  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 
249 aa  204  7e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.783202  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2526  two component transcriptional regulator  50 
 
 
262 aa  202  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262723  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5049  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 
259 aa  201  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.839238  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4368  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 
245 aa  201  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5811  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 
245 aa  201  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.244111  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4353  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 
245 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3050  two component transcriptional regulator  48 
 
 
245 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.545982  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1014  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 
244 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2774  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 
245 aa  197  7.999999999999999e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1522  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 
227 aa  197  7.999999999999999e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05454  two component response regulator transcription regulator protein  48.23 
 
 
256 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.169333 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6822  two component transcriptional regulator  45.09 
 
 
229 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4473  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 
230 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3634  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 
230 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.966844 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3893  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 
230 aa  192  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.742854  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4321  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 
248 aa  191  6e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5742  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 
342 aa  188  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0760421  hitchhiker  0.00137021 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1497  two component transcriptional regulator  45.33 
 
 
263 aa  186  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4359  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1954  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 
253 aa  178  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897911  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2118  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.59 
 
 
238 aa  176  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 
227 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.43 
 
 
231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 
237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1714  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.39 
 
 
234 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.233786  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  40 
 
 
231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.44 
 
 
227 aa  171  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2358  two component transcriptional regulator  40.79 
 
 
231 aa  170  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0136772  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.56 
 
 
223 aa  168  8e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 
230 aa  167  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 
227 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 
227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.85 
 
 
230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0738  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.79 
 
 
223 aa  162  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000283527  decreased coverage  0.00121253 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  40.44 
 
 
227 aa  162  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 
228 aa  161  7e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1181  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 
234 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00335068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.85 
 
 
233 aa  160  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1892  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 
228 aa  159  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.29 
 
 
240 aa  159  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 
230 aa  159  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0707  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
227 aa  158  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.598521  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.29 
 
 
240 aa  158  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0767733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  43.29 
 
 
240 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.29 
 
 
240 aa  158  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  43.29 
 
 
240 aa  158  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.29 
 
 
240 aa  158  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.29 
 
 
240 aa  158  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.29 
 
 
240 aa  157  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
229 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  43.29 
 
 
240 aa  157  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.17 
 
 
240 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  38.16 
 
 
227 aa  157  2e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.17 
 
 
240 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.17 
 
 
240 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.17 
 
 
240 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0805  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 
229 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
231 aa  156  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 
232 aa  156  3e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 
230 aa  156  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  42.17 
 
 
240 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 
227 aa  155  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.91 
 
 
233 aa  155  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  41.13 
 
 
240 aa  155  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 
231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  40.44 
 
 
226 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  40.44 
 
 
226 aa  154  9e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  38.7 
 
 
225 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 
238 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  41.3 
 
 
232 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1176  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 
229 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.149936 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  40.44 
 
 
219 aa  153  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 
231 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2121  two component transcriptional regulator  36.86 
 
 
231 aa  153  2e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.44 
 
 
234 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0276045  hitchhiker  9.727110000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.43 
 
 
235 aa  152  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.91 
 
 
237 aa  152  4e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2145  DNA-binding response regulator  39.65 
 
 
232 aa  152  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.71 
 
 
239 aa  152  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 
224 aa  152  5e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  38.77 
 
 
227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  39.47 
 
 
236 aa  151  7e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1085  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.83 
 
 
235 aa  151  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.224574  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  39.13 
 
 
227 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3691  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 
230 aa  151  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 
234 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 
229 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>