85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_17420 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 414 aa  806    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  36.57 
 
 		 382 aa  175  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1756  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 409 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1521  XRE family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 401 aa  131  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.965018 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  31.83 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  31.62 
 
 		 411 aa  106  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8549  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 		 410 aa  103  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123157  hitchhiker  0.000343252 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4820  hypothetical protein  28.57 
 
 		 399 aa  102  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3599  XRE family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 407 aa  102  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.34153  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3359  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 407 aa  100  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2462  XRE family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 524 aa  96.7  7e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1646  transcriptional regulator, XRE family  31.68 
 
 		 403 aa  92  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.24387  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 411 aa  91.3  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2778  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.72 
 
 		 401 aa  76.6  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2078  hypothetical protein  28.12 
 
 		 350 aa  75.1  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0683232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4908  XRE family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 402 aa  74.3  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  28.21 
 
 		 470 aa  73.9  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4372  transcriptional regulator, XRE family  27.74 
 
 		 400 aa  73.2  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0010  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 401 aa  70.1  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.141867  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  27 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2850  hypothetical protein  30 
 
 		 445 aa  65.5  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.431926  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03080  hypothetical protein  29.82 
 
 		 320 aa  65.5  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0840  helix-turn-helix domain-containing protein  28.54 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.557676  normal  0.0541802 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3690  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.456142 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8589  transcriptional regulator, XRE family  27.48 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00719609  normal  0.402307 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2579  hypothetical protein  29.24 
 
 		 562 aa  59.3  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1631  transcriptional regulator, XRE family  28.37 
 
 		 401 aa  58.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.182309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0133  helix-turn-helix domain protein  25.42 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1102  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 403 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 101 aa  55.1  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 404 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1817  hypothetical protein  28.11 
 
 		 527 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0783  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 394 aa  51.6  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.500633  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03070  predicted transcriptional regulator  46.43 
 
 		 95 aa  50.8  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0556  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 409 aa  50.4  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  37.36 
 
 		 513 aa  50.1  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 206 aa  49.3  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 98 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  40.22 
 
 		 488 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 230 aa  48.9  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 69 aa  47.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 73 aa  47  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4132  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 416 aa  47  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 118 aa  46.6  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 97 aa  46.6  0.0009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0506  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 194 aa  45.8  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0504214  normal  0.112871 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  48.28 
 
 		 248 aa  46.2  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0194  transcriptional regulator, XRE family  26.95 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  36.9 
 
 		 107 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1131  hypothetical protein  29.03 
 
 		 491 aa  45.8  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1263  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 117 aa  45.4  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197496  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  41.27 
 
 		 116 aa  45.1  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 223 aa  44.7  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.82 
 
 		 481 aa  44.7  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  29.52 
 
 		 491 aa  44.7  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3114  XRE family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 120 aa  44.7  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 131 aa  45.1  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  42.17 
 
 		 188 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0878  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 97 aa  44.3  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 73 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 474 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 73 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 74 aa  44.3  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  38.61 
 
 		 188 aa  44.3  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 101 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 69 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 228 aa  43.9  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 191 aa  43.9  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 74 aa  43.9  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  37.93 
 
 		 67 aa  43.9  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 66 aa  43.5  0.008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 256 aa  43.5  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 101 aa  43.1  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0249  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 135 aa  43.1  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5814  transcriptional regulator, XRE family  45.07 
 
 		 193 aa  43.1  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 99 aa  43.1  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1046  putative DNA-binding protein  36.14 
 
 		 87 aa  43.1  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.32421  normal  0.822007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 91 aa  42.7  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1360  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.42 
 
 		 406 aa  43.1  0.01  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>