61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0194 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0194  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 401 aa  791    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  45.18 
 
 		 404 aa  299  7e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6329  putative transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 407 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.523133 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8757  putative transcriptional regulator, XRE family  36.18 
 
 		 414 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0338  helix-turn-helix domain protein  33.92 
 
 		 397 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0337  transcriptional regulator, XRE family  37.06 
 
 		 399 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1631  transcriptional regulator, XRE family  31.23 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.182309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2778  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.75 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8549  transcriptional regulator, XRE family  28.91 
 
 		 410 aa  116  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123157  hitchhiker  0.000343252 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4372  transcriptional regulator, XRE family  31.5 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3359  helix-turn-helix domain-containing protein  32.07 
 
 		 407 aa  114  3e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3599  XRE family transcriptional regulator  29.98 
 
 		 407 aa  114  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.34153  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2462  XRE family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 524 aa  110  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1756  XRE family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 409 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4820  hypothetical protein  29.44 
 
 		 399 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906768  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 411 aa  95.1  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  27.15 
 
 		 411 aa  91.3  3e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2078  hypothetical protein  29.83 
 
 		 350 aa  90.9  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0683232  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1521  XRE family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.965018 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 397 aa  89  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1646  transcriptional regulator, XRE family  28.29 
 
 		 403 aa  88.2  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.24387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2850  hypothetical protein  31.23 
 
 		 445 aa  87.4  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.431926  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1530  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 403 aa  84  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0255908 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4908  XRE family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 402 aa  80.1  0.00000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2579  hypothetical protein  30.08 
 
 		 562 aa  77.4  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1102  transcriptional regulator, XRE family  26.89 
 
 		 403 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0010  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 401 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.141867  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3690  XRE family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 402 aa  74.7  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.456142 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  32.16 
 
 		 414 aa  72.8  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 383 aa  72.4  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  27.66 
 
 		 382 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8589  transcriptional regulator, XRE family  28.64 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00719609  normal  0.402307 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1817  hypothetical protein  32.89 
 
 		 527 aa  67.4  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0840  helix-turn-helix domain-containing protein  26.94 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.557676  normal  0.0541802 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  28.52 
 
 		 470 aa  62.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6139  putative transcriptional regulator, XRE family  24.4 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0299  hypothetical protein  30.23 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.206461  normal  0.73105 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  27.48 
 
 		 414 aa  55.1  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3995  hypothetical protein  30.75 
 
 		 535 aa  53.9  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 198 aa  53.5  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1360  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.46 
 
 		 406 aa  50.8  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1131  hypothetical protein  26.4 
 
 		 491 aa  50.4  0.00005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03080  hypothetical protein  28.69 
 
 		 320 aa  48.5  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 72 aa  46.6  0.0009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  38.3 
 
 		 179 aa  45.8  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 71 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 71 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4132  XRE family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 130 aa  44.3  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.82 
 
 		 72 aa  44.3  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 406 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  41.82 
 
 		 124 aa  44.3  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 219 aa  43.9  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 195 aa  43.5  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 212 aa  43.5  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 139 aa  43.5  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 225 aa  43.1  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 234 aa  43.1  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  35.71 
 
 		 201 aa  43.1  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>