More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4439 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  93.29 
 
 		 492 aa  879    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  100 
 
 		 492 aa  990    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  61.41 
 
 		 503 aa  552  1e-156  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  58.38 
 
 		 519 aa  550  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  59.31 
 
 		 506 aa  512  1e-144  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  56.88 
 
 		 509 aa  511  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  54.86 
 
 		 506 aa  501  1e-141  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  55.38 
 
 		 502 aa  485  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  54.71 
 
 		 492 aa  474  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  52.62 
 
 		 503 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  53.13 
 
 		 507 aa  468  9.999999999999999e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  53.33 
 
 		 512 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  53.33 
 
 		 512 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  51.61 
 
 		 504 aa  463  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  53.13 
 
 		 512 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  53.41 
 
 		 494 aa  432  1e-120  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  51.27 
 
 		 494 aa  402  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  45.06 
 
 		 489 aa  355  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  42.48 
 
 		 496 aa  317  2e-85  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  37.35 
 
 		 492 aa  290  3e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0484  phytoene desaturase  40.2 
 
 		 493 aa  284  2.0000000000000002e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  35.99 
 
 		 505 aa  271  1e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  34.39 
 
 		 504 aa  268  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  33.6 
 
 		 492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  34.29 
 
 		 492 aa  266  7e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  36.01 
 
 		 507 aa  259  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  34.15 
 
 		 504 aa  256  8e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  35.85 
 
 		 508 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  33.88 
 
 		 507 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  35.74 
 
 		 508 aa  251  3e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  30.1 
 
 		 537 aa  251  3e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  32.38 
 
 		 493 aa  251  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  33.2 
 
 		 531 aa  247  3e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  31.16 
 
 		 511 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  32.41 
 
 		 511 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  32.01 
 
 		 511 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  33.33 
 
 		 512 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  31.81 
 
 		 511 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  31.67 
 
 		 518 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  35.74 
 
 		 508 aa  239  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  30.85 
 
 		 519 aa  239  9e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  35.74 
 
 		 508 aa  239  9e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  33.54 
 
 		 553 aa  239  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  32.53 
 
 		 518 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  32.53 
 
 		 518 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  31.46 
 
 		 498 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  32.32 
 
 		 549 aa  232  1e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  34.01 
 
 		 498 aa  231  3e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  35.47 
 
 		 525 aa  230  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  31.85 
 
 		 504 aa  229  7e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  32.87 
 
 		 509 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  30.14 
 
 		 519 aa  227  3e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  32.59 
 
 		 508 aa  227  5.0000000000000005e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  30.31 
 
 		 490 aa  226  6e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  31.24 
 
 		 497 aa  226  6e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  31.63 
 
 		 546 aa  226  8e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  33.87 
 
 		 492 aa  225  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  30.77 
 
 		 552 aa  225  1e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  33.95 
 
 		 491 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  31.08 
 
 		 512 aa  220  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  31.99 
 
 		 492 aa  219  6e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  31.08 
 
 		 512 aa  219  6e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  30.58 
 
 		 553 aa  219  7e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  32.78 
 
 		 502 aa  218  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  30.67 
 
 		 512 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  29.67 
 
 		 495 aa  214  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  32.25 
 
 		 495 aa  214  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  27.15 
 
 		 502 aa  213  4.9999999999999996e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  27.15 
 
 		 502 aa  213  4.9999999999999996e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  32.13 
 
 		 496 aa  211  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.98 
 
 		 518 aa  211  2e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  28.81 
 
 		 499 aa  211  3e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  31.53 
 
 		 536 aa  209  1e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  31.88 
 
 		 524 aa  207  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  26.59 
 
 		 494 aa  207  5e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  29.39 
 
 		 521 aa  206  7e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.06 
 
 		 506 aa  204  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  29.09 
 
 		 491 aa  202  9e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  28.4 
 
 		 501 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  31.63 
 
 		 530 aa  200  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  31.63 
 
 		 530 aa  200  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  28.1 
 
 		 500 aa  199  7e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  30.61 
 
 		 509 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  32.39 
 
 		 548 aa  199  1.0000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  30.85 
 
 		 516 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  25.62 
 
 		 497 aa  197  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  25.62 
 
 		 497 aa  197  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  29.66 
 
 		 495 aa  196  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  31.71 
 
 		 529 aa  195  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  27.2 
 
 		 497 aa  192  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  34.87 
 
 		 495 aa  192  9e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.19 
 
 		 530 aa  189  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  27.98 
 
 		 527 aa  189  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  29.68 
 
 		 516 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  24.9 
 
 		 493 aa  186  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  30.62 
 
 		 556 aa  186  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  29.28 
 
 		 524 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  25.15 
 
 		 488 aa  184  4.0000000000000006e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21220  phytoene desaturase  29.34 
 
 		 566 aa  183  5.0000000000000004e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  31.77 
 
 		 509 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>