More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3853 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3853  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4590  GntR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356738  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 233 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 232 aa  86.3  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  33.15 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  32.81 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 221 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 217 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  26.26 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1988  GntR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0497005  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 216 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3559  transcriptional regulator, GntR family  30.26 
 
 		 232 aa  78.2  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1517  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1653  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 		 231 aa  77  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  29.1 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5240  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4322  transcriptional regulator, GntR family  29.02 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 242 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 225 aa  75.1  0.0000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0103  transcriptional regulator, GntR family  31.35 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 230 aa  74.7  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 223 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  30.3 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  27.57 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 237 aa  73.2  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 227 aa  73.2  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4314  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.948957 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  32.06 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 222 aa  72.4  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  29.86 
 
 		 258 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  27.32 
 
 		 239 aa  72  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 255 aa  72  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  25.89 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  30.77 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 223 aa  70.5  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  25.26 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  27.69 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  30.39 
 
 		 252 aa  69.7  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0257  GntR domain protein  27.51 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  27.32 
 
 		 221 aa  69.3  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 233 aa  68.9  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  28.79 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  28.72 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  28.5 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 220 aa  68.6  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 267 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2937  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 242 aa  68.6  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0279772  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1708  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 212 aa  68.2  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.243048 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>