141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5812 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5812  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  431  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0557291 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1124  transcriptional regulator, LysR family  52.31 
 
 		 288 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107658 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0971  transcriptional regulator, LysR family  49.74 
 
 		 288 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0661405  normal  0.865045 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0403  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 		 289 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.7 
 
 		 289 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283636  hitchhiker  0.00259911 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0306  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 291 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0805  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0205  LysR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 281 aa  95.5  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.131478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  31.64 
 
 		 334 aa  79.3  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 292 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 296 aa  72  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  27.41 
 
 		 312 aa  69.7  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 290 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  27.32 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  30.06 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2521  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146883  normal  0.194873 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 311 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 328 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 302 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 292 aa  61.6  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 287 aa  58.5  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 297 aa  57  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 291 aa  55.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 305 aa  55.5  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 315 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 315 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4156  transcriptional regulator, LysR family  25.15 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.638472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 316 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 316 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 308 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3433  transcriptional regulator LysR family  25 
 
 		 297 aa  53.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 316 aa  53.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 298 aa  53.9  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 294 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.62 
 
 		 295 aa  53.9  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 315 aa  53.9  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 316 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 301 aa  52.8  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 293 aa  52.4  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 307 aa  52.4  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 304 aa  52  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 306 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 306 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 325 aa  51.6  0.000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 290 aa  51.6  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 292 aa  51.6  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 303 aa  51.2  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 291 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  20.3 
 
 		 300 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 303 aa  51.2  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 316 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 338 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 332 aa  50.4  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 298 aa  50.4  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 308 aa  50.4  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 298 aa  49.7  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 297 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 297 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 294 aa  49.7  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 299 aa  49.7  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1348  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 286 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.283314  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 291 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 307 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 307 aa  49.3  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1199  LysR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 313 aa  48.9  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 295 aa  48.9  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 293 aa  48.5  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 293 aa  48.5  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  25.13 
 
 		 291 aa  48.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1617  transcriptional regulator, LysR family  25.13 
 
 		 298 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.564468  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 302 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 297 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 293 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4058  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 306 aa  48.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.103107  normal  0.387119 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  47.4  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3308  transcription regulator protein  19.35 
 
 		 294 aa  47  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31701  normal  0.818104 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.85 
 
 		 302 aa  47  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  25.39 
 
 		 293 aa  46.2  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 293 aa  46.6  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 295 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3369  LysR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 283 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00237825  normal  0.187078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 295 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2389  LysR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 283 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 317 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>