More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_0878 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 318 aa  634    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  75.47 
 
 		 319 aa  469  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  71.24 
 
 		 330 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  70.59 
 
 		 323 aa  419  1e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  35.42 
 
 		 321 aa  152  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.35 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  38.11 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  38.11 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.63 
 
 		 335 aa  132  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.34 
 
 		 331 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  34.22 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.2 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  33.2 
 
 		 295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  39.67 
 
 		 330 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  45.57 
 
 		 360 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  45.57 
 
 		 360 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.6 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.32 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.48 
 
 		 331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.38 
 
 		 342 aa  112  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.02 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  32.65 
 
 		 343 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.93 
 
 		 360 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  33.73 
 
 		 328 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  39.34 
 
 		 328 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  44.59 
 
 		 358 aa  108  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  39.5 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.81 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  37.3 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  33.73 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  33.73 
 
 		 328 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.02 
 
 		 321 aa  105  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.25 
 
 		 328 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  36.61 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.2 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.07 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.19 
 
 		 374 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  32.83 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  38.38 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  34.44 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  33.18 
 
 		 346 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  32.6 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  31.97 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.11 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  33.47 
 
 		 343 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  40.38 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  35.75 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  34.6 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.51 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  35.71 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  30.89 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.46 
 
 		 304 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.86 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.99 
 
 		 327 aa  99.8  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.36 
 
 		 339 aa  99.8  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  32.83 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  39.09 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  35.82 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.63 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.81 
 
 		 349 aa  98.6  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.05 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.75 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  33.48 
 
 		 373 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  36.14 
 
 		 323 aa  96.7  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  35.93 
 
 		 900 aa  96.7  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  37.39 
 
 		 370 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.78 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  29.96 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 		 325 aa  96.3  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.76 
 
 		 335 aa  95.9  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  37.39 
 
 		 370 aa  95.9  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  37.62 
 
 		 389 aa  95.9  8e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.36 
 
 		 326 aa  95.9  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  28.51 
 
 		 324 aa  95.9  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.43 
 
 		 363 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  34.78 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  35.14 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.43 
 
 		 363 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  35.75 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  35.59 
 
 		 334 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  35.59 
 
 		 334 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  35.59 
 
 		 334 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  32.54 
 
 		 337 aa  94  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.56 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  31.56 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  32.62 
 
 		 374 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  36.92 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>