More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2562 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2562  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 156 aa  314  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3365  MarR family transcriptional regulator  71.9 
 
 		 161 aa  225  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1597  MarR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2621  MarR family transcriptional regulator  67.61 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276728  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1648  MarR family transcriptional regulator  62.77 
 
 		 191 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.575498  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1685  MarR family transcriptional regulator  62.77 
 
 		 196 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.402727  normal  0.628244 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2695  transcriptional regulator, MarR family  62.04 
 
 		 172 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.21037  hitchhiker  0.0000565476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  53.96 
 
 		 141 aa  157  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1663  MarR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 132 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 141 aa  146  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 141 aa  146  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0835  transcriptional regulator, MarR family protein  48.51 
 
 		 150 aa  134  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  50.39 
 
 		 163 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0815  MarR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 165 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550088 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0799  MarR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3498  MarR family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 165 aa  128  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3311  MarR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 165 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0866  MarR family transcriptional regulator  48.59 
 
 		 165 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3426  transcriptional regulator, MarR family  48.59 
 
 		 165 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001045  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  44.37 
 
 		 152 aa  128  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3208  MarR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 165 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.469767 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04763  hypothetical protein  48.82 
 
 		 143 aa  127  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3621  MarR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 165 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.597701 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0977  MarR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0934  MarR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 163 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3331  MarR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 155 aa  125  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.376124  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3161  regulatory protein, MarR  49.61 
 
 		 158 aa  122  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0336123  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3056  MarR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0232  MarR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 152 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  40.74 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3291  MarR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.570613  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2313  MarR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 147 aa  118  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.708353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4256  MarR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.973283 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  46.15 
 
 		 146 aa  118  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0830  MarR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0886  MarR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  40 
 
 		 154 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 144 aa  115  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  39.26 
 
 		 154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  46.4 
 
 		 156 aa  114  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 144 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0057  MarR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 185 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.584189  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0576  transcriptional regulator, TrmB  42.86 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0950259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1306  MarR family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335381  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0374  MarR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00135193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2845  transcriptional regulator, MarR family  42.96 
 
 		 145 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.648486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0840  transcriptional regulator, MarR family  43.28 
 
 		 140 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.779945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3141  transcriptional regulator, MarR family  42.65 
 
 		 146 aa  110  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.566984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  45.11 
 
 		 153 aa  111  5e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4745  transcriptional regulator, MarR family  45.24 
 
 		 147 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427221 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3668  transcriptional regulator, MarR family  45.24 
 
 		 147 aa  110  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400003  normal  0.620653 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 146 aa  110  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  44.35 
 
 		 146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  39.04 
 
 		 159 aa  109  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  44.35 
 
 		 146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  44.35 
 
 		 146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5144  MarR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20780  transcriptional regulator, MarR family  40.88 
 
 		 152 aa  108  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0050  transcriptional regulator, MarR family  40.15 
 
 		 164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00479818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  40.14 
 
 		 157 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4792  transcriptional regulator, MarR family  44.35 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0729618  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2151  MarR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 153 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1113  transcriptional regulator, TrmB  40 
 
 		 167 aa  107  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 145 aa  107  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  42.98 
 
 		 162 aa  107  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00880  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 		 148 aa  107  7.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 		 157 aa  106  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4766  transcriptional regulator, MarR family  39.1 
 
 		 166 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.462626  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3189  regulatory protein, MarR  40.29 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4966  transcriptional regulator, MarR family  42.65 
 
 		 153 aa  106  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345847  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1328  transcriptional regulator, MarR family  42.03 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1910  MarR family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 152 aa  106  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0578168  normal  0.331204 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2950  transcriptional regulator, MarR family  41.3 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 170 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  36.84 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 178 aa  104  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1966  transcriptional regulator, MarR family  44.7 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000123545  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0623  MarR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1742  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4137  transcriptional regulator, MarR family  38.81 
 
 		 153 aa  104  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  39.57 
 
 		 155 aa  104  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2738  transcriptional regulator, MarR family  38.35 
 
 		 156 aa  104  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.708856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3240  MarR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 158 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.715513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  37.93 
 
 		 157 aa  103  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5325  transcriptional regulator, MarR family  42.86 
 
 		 147 aa  103  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3415  MarR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 149 aa  103  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0058743 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1808  MarR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 159 aa  103  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32610  transcriptional regulator  41.27 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0590673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  41.6 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1189  transcriptional regulator MarR family  41.48 
 
 		 158 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  41.6 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  38.57 
 
 		 161 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  50.96 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0969  transcriptional regulator, MarR family  40.62 
 
 		 171 aa  102  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000635233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3233  MarR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.550723  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1671  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 151 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4880  MarR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368926  hitchhiker  0.00140951 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2248  transcriptional regulator, TrmB  36.76 
 
 		 154 aa  102  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1219  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 151 aa  102  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.318492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>