More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2476 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2476  MotA/TolQ/ExbB proton channel  100 
 
 
175 aa  357  6e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.428605  hitchhiker  0.0000502877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3077  MotA/TolQ/ExbB proton channel  94.86 
 
 
175 aa  341  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037771  hitchhiker  0.00001604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2716  MotA/TolQ/ExbB proton channel  90.86 
 
 
175 aa  329  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00531183  decreased coverage  0.0000000102251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1627  MotA/TolQ/ExbB proton channel  90.86 
 
 
175 aa  329  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.399285  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1642  MotA/TolQ/ExbB proton channel  89.71 
 
 
175 aa  327  7e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1664  MotA/TolQ/ExbB proton channel  89.71 
 
 
175 aa  326  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0648284  normal  0.131005 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2462  MotA/TolQ/ExbB proton channel  89.14 
 
 
175 aa  326  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.055341  hitchhiker  0.00000243033 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1519  MotA/TolQ/ExbB proton channel  89.14 
 
 
175 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1573  MotA/TolQ/ExbB proton channel  89.66 
 
 
174 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.119512  hitchhiker  0.00360168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2532  MotA/TolQ/ExbB proton channel  88.57 
 
 
175 aa  323  6e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0137546  unclonable  0.0000227076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  88.57 
 
 
175 aa  323  6e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00200443  hitchhiker  0.00000116003 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2650  MotA/TolQ/ExbB proton channel  89.66 
 
 
174 aa  323  7e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.026005  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2423  MotA/TolQ/ExbB proton channel  88 
 
 
175 aa  323  9e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00161058  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2624  MotA/TolQ/ExbB proton channel  86.86 
 
 
175 aa  322  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000822503  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1256  MotA/TolQ/ExbB proton channel  86.29 
 
 
175 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.80948  hitchhiker  0.000146738 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1826  TonB system transport protein ExbB2  80 
 
 
160 aa  270  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2988  MotA/TolQ/ExbB proton channel  71.26 
 
 
174 aa  268  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.649663  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02812  TonB system biopolymer transport component  70.11 
 
 
174 aa  265  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00324688  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3754  biopolymer transport exbB protein  64.94 
 
 
174 aa  247  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00635  biopolymer transport protein  47.98 
 
 
175 aa  177  9e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3974  biopolymer transport exbB protein  47.95 
 
 
175 aa  176  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001858  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  47.4 
 
 
175 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06758  hypothetical protein  52.53 
 
 
184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000846  ferric siderophore transport system biopolymer transport protein ExbB  50 
 
 
184 aa  169  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0903  TonB system transport protein ExbB3  48.54 
 
 
177 aa  162  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0113  TonB system transport protein ExbB2  50 
 
 
169 aa  162  3e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0608  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.73 
 
 
174 aa  161  4.0000000000000004e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00236146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1152  TonB system transport protein ExbB2  49.7 
 
 
180 aa  160  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1062  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.43 
 
 
173 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.641565  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.94 
 
 
178 aa  151  5e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0354  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  43.86 
 
 
175 aa  150  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0226486  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03433  TonB system biopolymer transport component  51.22 
 
 
132 aa  129  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3870  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.06 
 
 
182 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1617  MotA/TolQ/ExbB proton channel  36.08 
 
 
177 aa  89  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.223503  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2154  biopolymer transport protein (ExbB)-like  32.09 
 
 
208 aa  81.3  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1572  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.78 
 
 
451 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0356539  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2651  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.46 
 
 
451 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.12619  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0437  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  34.29 
 
 
165 aa  79.7  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.383605  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1518  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.1 
 
 
451 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.298092  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1737  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.11 
 
 
201 aa  78.2  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0638355  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3078  MotA/TolQ/ExbB proton channel  57.81 
 
 
451 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00501831  hitchhiker  0.0000206592 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1825  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  33.33 
 
 
451 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2717  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.25 
 
 
451 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0125203  decreased coverage  0.0000000188451 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1626  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.25 
 
 
451 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.171295  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1641  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.25 
 
 
451 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0893157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1663  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.25 
 
 
451 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204687  normal  0.14505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2477  MotA/TolQ/ExbB proton channel  56.25 
 
 
451 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373641  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2424  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.69 
 
 
450 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00633842  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0904  Biopolymer transport protein TolR  31.61 
 
 
453 aa  72.8  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2463  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.69 
 
 
451 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00080951  hitchhiker  0.00000350745 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2533  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.69 
 
 
451 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0106655  unclonable  0.0000291193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  54.69 
 
 
451 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000348965  hitchhiker  0.00000191471 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2625  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.12 
 
 
451 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00264646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1255  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  54.69 
 
 
451 aa  72  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.429171  unclonable  0.0000153929 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.26 
 
 
208 aa  71.6  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.162411  normal  0.347505 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3975  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.04 
 
 
457 aa  70.1  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1616  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.75 
 
 
469 aa  70.5  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3523  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.13 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30.06 
 
 
469 aa  67.8  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297335  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0112  biopolymer transport protein TolR  39.58 
 
 
451 aa  67.8  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1738  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.7 
 
 
576 aa  67  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000125272  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1153  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.38 
 
 
457 aa  67.4  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0436  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50 
 
 
403 aa  66.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0887055  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0848  TolR-like transport protein  50.88 
 
 
470 aa  65.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.638917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2178  putative tolQ-type transport protein  35.14 
 
 
211 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25490  putative tolQ-type transport protein  35.14 
 
 
211 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0178753  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2061  MotA/TolQ/ExbB proton channel  30 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.590103 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06759  hypothetical protein  44.16 
 
 
455 aa  64.7  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2673  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.43 
 
 
253 aa  64.7  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1655  MotA/TolQ/ExbB proton channel  24.58 
 
 
218 aa  63.5  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.393099  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000847  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.86 
 
 
455 aa  63.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3755  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  27.33 
 
 
449 aa  62.8  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3871  MotA/TolQ/ExbB proton channel  41.67 
 
 
449 aa  62  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  26.88 
 
 
208 aa  61.6  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0453  biopolymer transport proteins-like  38.82 
 
 
465 aa  61.6  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.204978  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03434  putative Tol protein  45 
 
 
454 aa  60.5  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0353  TonB system biopolymer transport component  43.66 
 
 
460 aa  60.5  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.899068  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0869  MotA/TolQ/ExbB proton channel  46.77 
 
 
462 aa  60.5  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001857  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  37.5 
 
 
453 aa  59.7  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2153  transport protein TolQ-like  25.77 
 
 
474 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337835  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00636  biopolymer transport protein  37.5 
 
 
453 aa  59.7  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0607  MotA/TolQ/ExbB proton channel  38.57 
 
 
478 aa  59.3  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00882438  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1436  MotA/TolQ/ExbB proton channel  35.71 
 
 
218 aa  59.3  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.383265  normal  0.726638 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0394  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.94 
 
 
229 aa  57.8  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.265292  hitchhiker  0.00010169 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2300  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.9 
 
 
215 aa  58.2  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0580  MotA/TolQ/ExbB proton channel  23.28 
 
 
235 aa  57.8  0.00000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00547042  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2815  biopolymer transport proteins-like  31.52 
 
 
464 aa  57.4  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00525326  hitchhiker  0.00000294383 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1369  MotA/TolQ/ExbB proton channel  37.36 
 
 
206 aa  57.8  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1654  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.37 
 
 
480 aa  57  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.759397  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3344  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.32 
 
 
332 aa  56.6  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2553  MotA/TolQ/ExbB proton channel  33.64 
 
 
192 aa  56.6  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00158299 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4594  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.33 
 
 
215 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0528  MotA/TolQ/ExbB proton channel  29.36 
 
 
246 aa  56.6  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0591  MotA/TolQ/ExbB proton channel  32.43 
 
 
214 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0990686 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3137  MotA/TolQ/ExbB proton channel  28.95 
 
 
247 aa  55.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0966  MotA/TolQ/ExbB proton channel  27.34 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000271628  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  32.95 
 
 
607 aa  54.7  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.363335  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2018  biopolymer transport protein  29.81 
 
 
275 aa  54.7  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2157  MotA/TolQ/ExbB proton channel  34.78 
 
 
488 aa  54.3  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2119  Tol-Pal system TolQ  29.59 
 
 
241 aa  54.3  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.145493  normal  0.278172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>