More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4123 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4123  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  618  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3953  transcriptional regulator, LysR family  99 
 
 		 300 aa  610  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4016  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 300 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4062  LysR family transcriptional regulator  98.67 
 
 		 300 aa  608  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3943  transcriptional regulator, LysR family  98.67 
 
 		 300 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000214101 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3260  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00487315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1461  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 340 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0296008 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  27.44 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.06 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06875  transcriptional regulator  47.5 
 
 		 85 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.97 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 311 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25.69 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 304 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 325 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  26.14 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  25.5 
 
 		 326 aa  67  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.82 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  25.82 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  25.82 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.82 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.82 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  25.82 
 
 		 317 aa  65.5  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  25.8 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 308 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  46.84 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  48.1 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 321 aa  62  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  23.67 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  32.03 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  24.12 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.09 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  21.05 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>