More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1875 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1875  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 324 aa  667    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2315  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 302 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.958011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2431  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 302 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2030  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 302 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2193  transcriptional regulator, LysR family protein  73.47 
 
 		 299 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000418662  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2438  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 302 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1944  LysR family transcriptional regulator  72 
 
 		 300 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2032  transcriptional regulator, LysR family  74.49 
 
 		 302 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10229  hitchhiker  0.000329187 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1889  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 		 300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.457269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2089  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 		 300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.419213 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1930  LysR family transcriptional regulator  72.73 
 
 		 303 aa  449  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2584  LysR family transcriptional regulator  68.58 
 
 		 299 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.671514  hitchhiker  0.000651722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2021  LysR family transcriptional regulator  69.05 
 
 		 299 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1852  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 301 aa  411  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2088  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 303 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.82775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1789  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 313 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0769  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 306 aa  268  7e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4046  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 307 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4539  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.28189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1351  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 307 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.180221 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1901  putative transcriptional regulator  43.94 
 
 		 309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22470  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0122765  hitchhiker  0.000000469703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3833  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 307 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.450115 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19100  transcriptional regulator, LysR family  44.88 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.672089  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1296  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.46858  normal  0.712623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1430  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 307 aa  249  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.596969  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3825  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.83 
 
 		 307 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0700  putative transcriptional regulator  44.33 
 
 		 326 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 307 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01279  putative transcriptional regulator with periplasmic binding protein domain (LysR family)  41.99 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0224916  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3745  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1757  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.187879 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2592  putative transcriptional regulator  31.21 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7777  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 310 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1672  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 304 aa  135  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2614  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00872541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2727  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.41842 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4464  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 290 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2652  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50160  LysR family transcriptional regulator protein  32.31 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1965  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.540209  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2161  regulatory protein, LysR  29.63 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5255  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.443087  normal  0.0197845 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2153  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.638305 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2480  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0120237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2290  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000611943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2362  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0454134  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1570  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0308383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.91 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1027  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.361847  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  29.82 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2089  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.28 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  32.28 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 302 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1933  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0399555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1875  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2686  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.524728 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  29.96 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  29.96 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  29.96 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  29.96 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  29.96 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.27 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 313 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.67 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4762  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 297 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 341 aa  105  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  29.53 
 
 		 295 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>