More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3711 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3711  putative ATP-dependent RNA helicase  100 
 
 
436 aa  889    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0132588  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19120  ATP-dependent DEAD/DEAH box helicase  50.57 
 
 
439 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4532  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.97 
 
 
440 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1437  DEAD/DEAH box helicase-like  46.59 
 
 
446 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1378  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.97 
 
 
453 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.512002  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19290  putative ATP-dependent RNA helicase  48.85 
 
 
446 aa  371  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.47 
 
 
445 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1661  putative ATP-dependent RNA helicase  51.17 
 
 
441 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.96 
 
 
452 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0141763  normal  0.273496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4039  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.13 
 
 
453 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.541201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  47.15 
 
 
453 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1306  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.24 
 
 
441 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.95 
 
 
441 aa  307  3e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1618  DEAD/DEAH box helicase-like  39.01 
 
 
447 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2444  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.41 
 
 
449 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2838  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.36 
 
 
449 aa  301  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  38.95 
 
 
533 aa  301  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2514  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.41 
 
 
449 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000164023 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.83 
 
 
449 aa  301  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2606  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
449 aa  298  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.581519  hitchhiker  0.0000000487661 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001255  ATP-dependent RNA helicase  39.82 
 
 
443 aa  297  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  38.73 
 
 
441 aa  297  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  38.73 
 
 
441 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  38.73 
 
 
441 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40 
 
 
430 aa  296  4e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
453 aa  296  4e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.81 
 
 
443 aa  296  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.12 
 
 
634 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1645  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.06 
 
 
451 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.55741  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1682  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.06 
 
 
451 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.747215  normal  0.719236 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.16 
 
 
441 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  38.11 
 
 
452 aa  295  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.47 
 
 
441 aa  295  1e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  41.41 
 
 
472 aa  294  2e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.85 
 
 
409 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2445  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.12 
 
 
451 aa  295  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.959093  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.1 
 
 
409 aa  294  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1232  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.34 
 
 
409 aa  293  4e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2698  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.84 
 
 
451 aa  292  6e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.029027  hitchhiker  0.0000852127 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1660  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.73 
 
 
451 aa  292  9e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  39.8 
 
 
632 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1417  DEAD/DEAH box helicase-like protein  36.9 
 
 
468 aa  291  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0306268  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3215  putative ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.43 
 
 
448 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0657  ATP-dependent RNA helicase  39.9 
 
 
450 aa  290  3e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.85 
 
 
409 aa  290  4e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05125  ATP-dependent RNA helicase  40.2 
 
 
447 aa  290  4e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  37.56 
 
 
441 aa  290  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  41.98 
 
 
417 aa  289  6e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.55 
 
 
542 aa  289  7e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3058  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.29 
 
 
412 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.025666 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.72 
 
 
449 aa  289  7e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.9 
 
 
441 aa  289  8e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.06 
 
 
511 aa  289  8e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  37.26 
 
 
453 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  39.21 
 
 
537 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3053  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.85 
 
 
447 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.643926  normal  0.011472 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.24 
 
 
411 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.86 
 
 
418 aa  287  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.36 
 
 
491 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.69 
 
 
514 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.69 
 
 
516 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  38.69 
 
 
516 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2624  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.87 
 
 
448 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.394652  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5658  DEAD/DEAH box helicase-like  41.03 
 
 
527 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.02 
 
 
512 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.31 
 
 
450 aa  286  7e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  40.11 
 
 
401 aa  286  7e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.1 
 
 
456 aa  286  7e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1330  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.95 
 
 
411 aa  286  7e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.44 
 
 
512 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.26 
 
 
435 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  38.44 
 
 
535 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1273  DEAD/DEAH box helicase-like protein  38.83 
 
 
456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163925 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.8 
 
 
505 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2082  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.76 
 
 
482 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.162291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  39.2 
 
 
516 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0961  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.49 
 
 
509 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0175474  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2339  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.76 
 
 
520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312074 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1296  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.71 
 
 
411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  40.66 
 
 
450 aa  284  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1704  DEAD/DEAH box helicase-like  40.76 
 
 
520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2316  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.76 
 
 
520 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  37.67 
 
 
549 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.56 
 
 
454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1352  putative ATP-dependent RNA helicase 2  39.95 
 
 
559 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.051549  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1201  DEAD/DEAH box helicase  39.95 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0820684  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0828  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.95 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00138839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1917  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.95 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0135106  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1040  DEAD/DEAH box helicase  39.95 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.33431  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  39.57 
 
 
423 aa  283  5.000000000000001e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1193  DEAD/DEAH box helicase  39.95 
 
 
481 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.444937  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0323  DEAD/DEAH box helicase  39.95 
 
 
482 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0723689  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.27 
 
 
418 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0981  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.95 
 
 
571 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.27 
 
 
418 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.09 
 
 
408 aa  282  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  38.69 
 
 
482 aa  281  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0076  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  39.75 
 
 
452 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000113664  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.56 
 
 
627 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  36.56 
 
 
627 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>