More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0228 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  100 
 
 		 432 aa  865    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  73.8 
 
 		 389 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  70.26 
 
 		 375 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  73.19 
 
 		 387 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  71.34 
 
 		 377 aa  489  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  73.67 
 
 		 391 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  74.84 
 
 		 397 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.69 
 
 		 382 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  74.53 
 
 		 401 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.95 
 
 		 384 aa  482  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  70.54 
 
 		 367 aa  478  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  64.66 
 
 		 377 aa  481  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  63.91 
 
 		 390 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.05 
 
 		 381 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  68.77 
 
 		 386 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  64.58 
 
 		 392 aa  459  9.999999999999999e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  68.51 
 
 		 384 aa  457  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  63.95 
 
 		 383 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  70.19 
 
 		 387 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  70.24 
 
 		 388 aa  450  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  70.5 
 
 		 387 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.82 
 
 		 414 aa  423  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  57.88 
 
 		 380 aa  409  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  62.9 
 
 		 388 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  62.32 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  56.86 
 
 		 371 aa  402  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.59 
 
 		 395 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  58.59 
 
 		 395 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  58.59 
 
 		 395 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.03 
 
 		 394 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  57.93 
 
 		 406 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  58.5 
 
 		 394 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4012  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  57.46 
 
 		 395 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0110439  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.97 
 
 		 401 aa  393  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  61.52 
 
 		 404 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  58.46 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  61.35 
 
 		 400 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  59.2 
 
 		 340 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  59.2 
 
 		 340 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  58.16 
 
 		 400 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  59.2 
 
 		 340 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  59.2 
 
 		 340 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  58.16 
 
 		 400 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  57.19 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  56.29 
 
 		 403 aa  384  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  56.59 
 
 		 405 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  56.29 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3685  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  59.13 
 
 		 393 aa  381  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.145721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0952  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.42 
 
 		 394 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  58.93 
 
 		 378 aa  381  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  60 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  55.65 
 
 		 367 aa  378  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2253  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.05 
 
 		 398 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731994  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2039  ABC transporter permease  61.49 
 
 		 396 aa  375  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal  0.266776 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.58 
 
 		 359 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  60 
 
 		 359 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  61.02 
 
 		 359 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  55.82 
 
 		 385 aa  369  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 359 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  60.63 
 
 		 359 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.06 
 
 		 359 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  55.81 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64290  putative permease of ABC transporter  61.41 
 
 		 359 aa  360  4e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.374453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5581  urea ABC transporter permease UrtC  61.41 
 
 		 359 aa  358  8e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  57.23 
 
 		 364 aa  356  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1990  inner-membrane translocator  57.73 
 
 		 357 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1086  urea ABC transporter, permease protein UrtC  58.49 
 
 		 372 aa  347  2e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  56.92 
 
 		 350 aa  346  4e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  50.58 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0992  inner-membrane translocator  58.49 
 
 		 356 aa  343  4e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  60.06 
 
 		 358 aa  342  8e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1423  inner-membrane translocator  58.33 
 
 		 358 aa  339  4e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  59.12 
 
 		 363 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2498  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.42 
 
 		 362 aa  335  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0421862  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2871  urea ABC transporter, permease protein UrtC  55.74 
 
 		 358 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00794762  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1338  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  55.74 
 
 		 358 aa  335  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2792  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  55.46 
 
 		 358 aa  333  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  46.56 
 
 		 363 aa  278  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  46.47 
 
 		 382 aa  272  8.000000000000001e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0299  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  49.4 
 
 		 410 aa  269  8e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.765478  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1943  inner-membrane translocator  48.26 
 
 		 410 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4019  inner-membrane translocator  46.02 
 
 		 411 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.18 
 
 		 376 aa  256  7e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  41.9 
 
 		 389 aa  250  4e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.58 
 
 		 398 aa  249  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.11 
 
 		 392 aa  245  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  42.12 
 
 		 372 aa  245  9.999999999999999e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.3 
 
 		 404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.51 
 
 		 383 aa  244  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0995  inner-membrane translocator  46.88 
 
 		 410 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178481  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.27 
 
 		 391 aa  242  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.83 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  41.83 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 393 aa  241  2e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  41.83 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.97 
 
 		 396 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  40.6 
 
 		 351 aa  239  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 411 aa  239  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.31 
 
 		 401 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.83 
 
 		 387 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>