More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1367 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1367  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
298 aa  608  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.145804 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.38 
 
 
308 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
317 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.23 
 
 
307 aa  278  8e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00693631  hitchhiker  0.000745392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
317 aa  276  3e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
312 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.339496  normal  0.553858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.01 
 
 
313 aa  263  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
312 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.260501  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
312 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.77 
 
 
312 aa  259  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.214873  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
306 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00337354  hitchhiker  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.59 
 
 
311 aa  255  7e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000504065  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
306 aa  252  7e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1911  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.51 
 
 
287 aa  231  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
305 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
305 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  33.33 
 
 
305 aa  160  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
326 aa  160  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.49 
 
 
300 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 
301 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.55 
 
 
302 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
304 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
296 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.610122  hitchhiker  0.00520466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
302 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
298 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7556  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206699  normal  0.239691 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2673  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
302 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
303 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0205558  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.66 
 
 
287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  31.52 
 
 
303 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  31.52 
 
 
303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 
303 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 
303 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
303 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
300 aa  124  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.490724 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 
288 aa  123  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
304 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF02530  peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase (hde), putative  30.9 
 
 
893 aa  122  6e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.874708  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
710 aa  122  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
307 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  29.56 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
913 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  33.09 
 
 
903 aa  120  3e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 
287 aa  119  6e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 
287 aa  119  6e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  32.49 
 
 
286 aa  119  7e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.3 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.11 
 
 
300 aa  117  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0277304  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
316 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535694  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2321  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  37.04 
 
 
275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.195083 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  27.47 
 
 
901 aa  109  4.0000000000000004e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 
315 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.588653 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
245 aa  107  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.12 
 
 
238 aa  104  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.42 
 
 
574 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
294 aa  102  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0588577  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
305 aa  101  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1324  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  30.43 
 
 
260 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3375  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.88 
 
 
240 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
275 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
294 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.62 
 
 
246 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
280 aa  99.8  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
257 aa  99.8  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
313 aa  99  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.823461  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
280 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
253 aa  98.6  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  29.51 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
263 aa  97.8  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.84 
 
 
264 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  29.84 
 
 
264 aa  97.1  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
237 aa  96.7  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.10295  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.7 
 
 
248 aa  96.7  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.32 
 
 
264 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.32 
 
 
264 aa  96.3  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.32 
 
 
264 aa  96.3  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.46 
 
 
246 aa  95.9  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.411552  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.8 
 
 
264 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  35.68 
 
 
257 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  30.52 
 
 
263 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.4 
 
 
245 aa  95.5  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
298 aa  95.1  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  30.52 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  30.52 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.32 
 
 
264 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  30.52 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  30.52 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
313 aa  94.4  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
263 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  30.52 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
263 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  30.52 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
263 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>