More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0205 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
341 aa  690    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  70.32 
 
 
353 aa  487  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.06 
 
 
349 aa  478  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  50.86 
 
 
357 aa  358  7e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  49.42 
 
 
338 aa  358  8e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51 
 
 
357 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 
363 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  48.88 
 
 
363 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 
363 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  49.58 
 
 
362 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  48.88 
 
 
363 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  49.72 
 
 
362 aa  352  8e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  49.72 
 
 
362 aa  350  1e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  49.72 
 
 
362 aa  351  1e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.29 
 
 
355 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  48.75 
 
 
363 aa  349  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.86 
 
 
356 aa  345  5e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  48.32 
 
 
366 aa  344  1e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  50.59 
 
 
325 aa  340  1e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  50.59 
 
 
325 aa  340  1e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  47.5 
 
 
372 aa  341  1e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  50.59 
 
 
325 aa  340  1e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  47.37 
 
 
368 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  48.47 
 
 
373 aa  339  5e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  50 
 
 
335 aa  338  5e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  338  8e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  338  8e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  338  8e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  338  8e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  338  8e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  49.14 
 
 
359 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
325 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  50.59 
 
 
331 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  50.59 
 
 
326 aa  332  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
331 aa  332  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  53.29 
 
 
342 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  49.11 
 
 
342 aa  330  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  49.11 
 
 
342 aa  330  2e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  49.11 
 
 
342 aa  330  2e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  48.69 
 
 
325 aa  329  5.0000000000000004e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  50 
 
 
331 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  47.79 
 
 
328 aa  328  7e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  49.7 
 
 
331 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  47.49 
 
 
328 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  50.3 
 
 
331 aa  326  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  46.88 
 
 
340 aa  323  3e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  49.4 
 
 
330 aa  323  3e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  47.92 
 
 
336 aa  319  5e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  47.62 
 
 
357 aa  316  5e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.19 
 
 
370 aa  315  6e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  50.59 
 
 
336 aa  311  9e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  46.41 
 
 
338 aa  309  4e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  49.85 
 
 
362 aa  306  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.09 
 
 
381 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 
484 aa  279  4e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  44.17 
 
 
434 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  43.36 
 
 
466 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  44.25 
 
 
592 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3217  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40 
 
 
501 aa  238  9e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.9 
 
 
464 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.72 
 
 
483 aa  237  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2184  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
497 aa  237  2e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.682977  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.49 
 
 
540 aa  236  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1649  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.43 
 
 
479 aa  236  4e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05873  nitric oxide reductase regulator  38.3 
 
 
542 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.61 
 
 
481 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.61 
 
 
481 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.17 
 
 
474 aa  235  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.17 
 
 
480 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.99 
 
 
480 aa  232  6e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.1 
 
 
462 aa  231  1e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144471  normal  0.173796 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000451  transcriptional regulator  37.69 
 
 
543 aa  231  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.219758  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  40.18 
 
 
455 aa  230  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0846  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.02 
 
 
518 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.615084  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1656  sigma-54 activating ATPase  49.59 
 
 
386 aa  229  4e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0864275  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  39.83 
 
 
623 aa  229  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001300  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator NorR  40.41 
 
 
510 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.208791  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0140  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.06 
 
 
500 aa  229  5e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.91 
 
 
448 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.29 
 
 
463 aa  229  6e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.54 
 
 
461 aa  229  7e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.774224  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  40.56 
 
 
581 aa  229  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.76 
 
 
470 aa  228  9e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3199  Fis family transcriptional regulator  39.7 
 
 
520 aa  228  9e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  52.17 
 
 
623 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.75 
 
 
585 aa  228  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0807  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.94 
 
 
518 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1161  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.91 
 
 
496 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.175427  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0845  anaerobic nitric oxide reductase transcription regulator  39.58 
 
 
518 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000422276  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.19 
 
 
458 aa  227  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.43 
 
 
457 aa  228  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  38.62 
 
 
481 aa  226  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  41.94 
 
 
545 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
483 aa  226  3e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.49 
 
 
592 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  41.94 
 
 
545 aa  226  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.49 
 
 
592 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.48 
 
 
483 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1258  two component Fis family transcriptional regulator  40.53 
 
 
486 aa  226  4e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.65 
 
 
604 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>