266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0789 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  80.1 
 
 		 207 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  76.21 
 
 		 208 aa  318  3e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  54.23 
 
 		 202 aa  223  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  47.98 
 
 		 200 aa  186  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  49.24 
 
 		 201 aa  185  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  50.25 
 
 		 201 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  47.72 
 
 		 201 aa  177  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  43.94 
 
 		 199 aa  175  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  48.24 
 
 		 201 aa  175  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  43 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  45.77 
 
 		 200 aa  171  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  45.96 
 
 		 199 aa  171  7.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  42 
 
 		 200 aa  168  4e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  42.78 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  43.72 
 
 		 202 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  43.22 
 
 		 202 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  43.22 
 
 		 202 aa  162  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  43.94 
 
 		 217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  46.51 
 
 		 233 aa  157  9e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 200 aa  154  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  39.5 
 
 		 198 aa  148  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  42.21 
 
 		 199 aa  148  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  41.12 
 
 		 199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  37.76 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 199 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 199 aa  140  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 		 201 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  39 
 
 		 200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  38.5 
 
 		 200 aa  132  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 		 201 aa  131  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  36.04 
 
 		 199 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 		 202 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  34 
 
 		 197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  37.37 
 
 		 198 aa  109  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  35.64 
 
 		 202 aa  101  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  30.51 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 245 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261739  normal  0.184222 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.129059  normal  0.0371904 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00951861 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.996874 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.96 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 243 aa  64.7  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  29.88 
 
 		 222 aa  63.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1057  short chain dehydrogenase; 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.1 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.474453 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.6 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  26.19 
 
 		 238 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  26.19 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  29.41 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  27.33 
 
 		 242 aa  57  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.57 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.93 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5398  short chain dehydrogenase  28.14 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.448232  normal  0.960589 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 		 227 aa  54.7  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.21 
 
 		 241 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5080  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 		 240 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  31.03 
 
 		 204 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 270 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.78 
 
 		 259 aa  53.5  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 240 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.39 
 
 		 250 aa  52.4  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.91 
 
 		 267 aa  52.4  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 		 239 aa  51.6  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0910719 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.14 
 
 		 257 aa  51.6  0.000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.211006  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.06 
 
 		 284 aa  51.2  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0511  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 		 235 aa  50.8  0.00001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.14 
 
 		 270 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.763501 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3511  short chain dehydrogenase  26.56 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 		 224 aa  50.4  0.00002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.550294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.58 
 
 		 268 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 		 235 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3326  short chain dehydrogenase  32.05 
 
 		 246 aa  49.7  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.42 
 
 		 235 aa  50.1  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.74 
 
 		 257 aa  49.3  0.00004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.6 
 
 		 248 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.41 
 
 		 259 aa  48.9  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0749847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 		 246 aa  48.5  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2407  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.86 
 
 		 246 aa  48.5  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2606  short chain dehydrogenase  28.21 
 
 		 240 aa  48.5  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  25 
 
 		 246 aa  48.5  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.43 
 
 		 253 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1445  short chain dehydrogenase  29.31 
 
 		 237 aa  48.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.7 
 
 		 237 aa  47.4  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4885  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.22 
 
 		 235 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155643  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4155  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  26.99 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0471031  normal  0.022218 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  29.91 
 
 		 245 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0985  short chain dehydrogenase  29.31 
 
 		 237 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1467  short chain dehydrogenase  29.31 
 
 		 237 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3239  short chain dehydrogenase  32.05 
 
 		 245 aa  47.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.161967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>