More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3613 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 199 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  64.14 
 
 		 199 aa  263  8.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  52.31 
 
 		 200 aa  204  7e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  52.31 
 
 		 200 aa  203  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  45.36 
 
 		 197 aa  186  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  47.76 
 
 		 199 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 198 aa  170  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  44.28 
 
 		 199 aa  168  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  44.9 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  47.69 
 
 		 202 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  43.37 
 
 		 202 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  40.3 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  40.3 
 
 		 199 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  42.93 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 		 200 aa  155  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  42.71 
 
 		 200 aa  153  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  44.65 
 
 		 200 aa  150  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  39.8 
 
 		 198 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  44.91 
 
 		 201 aa  145  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 201 aa  141  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  43.4 
 
 		 200 aa  140  9e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 201 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  42.77 
 
 		 233 aa  138  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  37.88 
 
 		 199 aa  133  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  37.62 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 		 208 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 		 202 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  35 
 
 		 201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  38.38 
 
 		 207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  36.04 
 
 		 205 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  35.64 
 
 		 202 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  35.64 
 
 		 202 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  39.39 
 
 		 202 aa  122  3e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  29.65 
 
 		 201 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  31.5 
 
 		 201 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  29.65 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  31.18 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  30.27 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 		 247 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  29.83 
 
 		 245 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  29.5 
 
 		 245 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.26 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.839106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 		 274 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 		 247 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09158  short chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01040)  29.95 
 
 		 251 aa  71.2  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 		 239 aa  70.9  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0910719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.59 
 
 		 258 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1104  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.65 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12325  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1272  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.65 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0256  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3012  putative short-chain dehydrogenase  29.03 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1687  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.65 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.867635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0103  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.65 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0321  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.65 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  26.44 
 
 		 238 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1775  dehydrogenases with different specificities  29.57 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.64 
 
 		 249 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  27.01 
 
 		 238 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.72 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.49 
 
 		 269 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.53 
 
 		 249 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0196402  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.84586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1392  short chain dehydrogenase  30.64 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1622  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 		 246 aa  63.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1352  short chain dehydrogenase  32.06 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.165575  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6322  putative short-chain dehydrogenase  26.67 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72840  putative short-chain dehydrogenase  26.67 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 		 256 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11298  short chain dehydrogenase  31.1 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2086  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 		 245 aa  62  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00879174  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 		 244 aa  61.6  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07806  Versicolorin reductase (EC 1.1.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q00791]  27.61 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00450533  normal  0.460888 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  28.98 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  28.98 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.18 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  28.98 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  28.98 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2114  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.66 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  28.4 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  28.41 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  27.84 
 
 		 270 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  28.41 
 
 		 240 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2692  short chain dehydrogenase  24.21 
 
 		 246 aa  58.9  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.57 
 
 		 245 aa  58.5  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 		 259 aa  58.2  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.85 
 
 		 250 aa  58.2  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.95 
 
 		 248 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.28 
 
 		 262 aa  58.2  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  25 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0983747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>