More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2493 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2493  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 200 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1726  short chain dehydrogenase  96 
 
 		 200 aa  394  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4306  short chain dehydrogenase  52.55 
 
 		 197 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3613  short chain dehydrogenase  52.31 
 
 		 199 aa  203  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2520  short chain dehydrogenase  49.25 
 
 		 199 aa  200  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0216463  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50610  short chain dehydrogenase  52.82 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0391945 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4312  short chain dehydrogenase  50.26 
 
 		 199 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3138  short chain dehydrogenase  47.18 
 
 		 200 aa  189  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0313  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 199 aa  185  4e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0297  short chain dehydrogenase  46.15 
 
 		 199 aa  185  4e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1238  short chain dehydrogenase  48.19 
 
 		 199 aa  182  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6188  short chain dehydrogenase  53.59 
 
 		 198 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5629  short chain dehydrogenase  48.48 
 
 		 198 aa  181  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1778  short chain dehydrogenase  51.02 
 
 		 202 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4284  short chain dehydrogenase  46.39 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.206363 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1664  short chain dehydrogenase  45.69 
 
 		 199 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0613  short chain dehydrogenase  45.88 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0886445 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4448  short chain dehydrogenase  46.91 
 
 		 201 aa  171  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0657  short chain dehydrogenase  41.92 
 
 		 202 aa  171  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.769936  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05280  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 		 200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06295  short chain dehydrogenase  39.5 
 
 		 200 aa  162  3e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3526  short chain dehydrogenase  47.56 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0150103 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3331  short chain dehydrogenase  45.18 
 
 		 201 aa  158  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4883  short chain dehydrogenase  44.16 
 
 		 202 aa  158  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5475  short chain dehydrogenase  43.65 
 
 		 202 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5387  short chain dehydrogenase  43.65 
 
 		 202 aa  157  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.255767 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0927  short chain dehydrogenase  43.43 
 
 		 200 aa  156  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.115438  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3200  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 217 aa  155  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2512  short chain dehydrogenase  42.35 
 
 		 199 aa  152  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.296656  normal  0.253878 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3670  short chain dehydrogenase  40.2 
 
 		 208 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3793  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0789  short chain dehydrogenase  39 
 
 		 205 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2619  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 		 201 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1873  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1736  short chain dehydrogenase  36.22 
 
 		 201 aa  125  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.544896  normal  0.157452 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl362  short chain dehydrogenase  38.41 
 
 		 202 aa  120  9.999999999999999e-27  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  3.68833e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0802  short chain dehydrogenase  29.76 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.414553  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2324  short chain dehydrogenase  32.57 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06495  oxidoreductase  30.41 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2087  short chain dehydrogenase  31.43 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.319948  normal  0.613238 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 		 274 aa  76.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2779  short chain dehydrogenase  29.94 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000967722 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.07 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2546  short chain dehydrogenase  28.81 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.139456 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.290784  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13500  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.02 
 
 		 237 aa  67  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6322  putative short-chain dehydrogenase  29.07 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72840  putative short-chain dehydrogenase  29.07 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1686  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.37 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.44 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.165575  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.49 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04781  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  27.75 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.44 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05091  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  27.75 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4347  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.44 
 
 		 256 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.206497 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1106  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256004  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1843  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.43 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.136671  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0953  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2277  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.26 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000536338  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1548  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0211  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0327074  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1880  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 270 aa  62.4  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0386097  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3870  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.33 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 		 248 aa  62.4  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0938  Short-chain alcohol dehydrogenase  24.52 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00746042  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0453  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.23 
 
 		 249 aa  62  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.465318  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 		 246 aa  62  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1701  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.553815  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.64 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1727  short chain dehydrogenase  31.13 
 
 		 240 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.169393  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.9 
 
 		 237 aa  61.6  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2913  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 		 253 aa  61.6  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.196322  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1592  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5938  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.98 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.355908  decreased coverage  0.00196456 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2904  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.06 
 
 		 243 aa  61.6  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.996874 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.76 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.261739  normal  0.184222 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.81 
 
 		 272 aa  61.2  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.101922  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.27 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.3 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 		 246 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 248 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.213287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.27 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1917  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.44 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.27 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.41 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2028  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.68 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.658304  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0847  short chain dehydrogenase/reductase family protein  23.33 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.429144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 		 253 aa  59.3  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.64 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.01 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>