More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5052 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  471  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7370  short-chain alcohol dehydrogenase  46.8 
 
 
247 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
255 aa  169  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.92 
 
 
266 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
260 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
258 aa  158  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
253 aa  157  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
255 aa  157  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
252 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
262 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
260 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
268 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
247 aa  155  7e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
262 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
233 aa  154  9e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.92 
 
 
239 aa  154  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
254 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.206772  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 
262 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
262 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
258 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
250 aa  153  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  39.22 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  38.19 
 
 
261 aa  152  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
257 aa  152  4e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2468  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  36.25 
 
 
256 aa  152  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000411328  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  152  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
233 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
233 aa  152  7e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
250 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
260 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
254 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
297 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
259 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.534322  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
233 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
250 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
246 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
269 aa  149  3e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
246 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
246 aa  149  4e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
246 aa  149  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
245 aa  149  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
262 aa  149  5e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3889  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.26 
 
 
236 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521289  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
253 aa  148  8e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
248 aa  148  8e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.057049  hitchhiker  0.000702749 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.55 
 
 
256 aa  148  9e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  35.77 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0594  putative short-chain type dehydrogenase  38.98 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.722821  normal  0.132881 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1185  2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase  41.88 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.938573 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4528  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.27 
 
 
258 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3393  2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase  37.66 
 
 
248 aa  146  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.453301 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
247 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.750079  normal  0.690842 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
253 aa  146  3e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.562893  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
273 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.19021  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  35.77 
 
 
261 aa  145  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
257 aa  145  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4150  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
236 aa  145  5e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.639156 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  35.77 
 
 
261 aa  145  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
252 aa  145  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
259 aa  144  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
264 aa  144  9e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  35.38 
 
 
261 aa  144  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  34.96 
 
 
267 aa  144  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0705  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.29 
 
 
256 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539769  normal  0.825895 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
248 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
257 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
247 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
252 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.92 
 
 
255 aa  144  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  35.77 
 
 
261 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
274 aa  144  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
250 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
263 aa  144  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
268 aa  144  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
257 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4834  glucose-1-dehydrogenase  35.38 
 
 
261 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
266 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.551106  normal  0.267139 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
256 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
260 aa  143  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.83 
 
 
270 aa  144  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4612  glucose-1-dehydrogenase  35.38 
 
 
261 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.548081  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  35 
 
 
261 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4968  glucose-1-dehydrogenase  35.38 
 
 
261 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.188198  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 
255 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
263 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
255 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0010  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  40.87 
 
 
258 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>